In eerste instantie was dit vooral te danken aan de redactie die hem verzocht in memoriams te schrijven van wetenschappers die hij van nabij had gekend, zoals Schlegel (directeur van het Rijksmuseum van Natuurlijke Historie) en zijn Utrechtse leermeesters de dierkundige Harting en de fysicus Buys Ballot. Hubrecht was niet zonder talent voor dit soort werk. Zijn geschreven portretten zijn zeer leesbaar en informatief zowel waar het gaat om de wetenschappelijke betekenis van de betreffende persoon als om de mens achter de onderzoeker.
Hubrecht heeft een verscheidenheid aan artikelen gepubliceerd in De Gids. Hij schreef onder andere over de invoering van een nieuwe tijdrekening voor Nederland, over onderwijshervormingen, over zijn wetenschappelijke reizen in Nederlands-Indië, over de noodzaak van meer overheidssteun voor de zeevisserij en over biologische expedities. Hubrecht heeft zich in zijn bijdragen echter vooral toegelegd op de evolutietheorie en allerlei onderwerpen die daarmee samenhingen. Rond de eeuwwisseling was hij op dit gebied de meest productieve popularisator in Nederland.
De evolutietheorie was meer dan een thema voor populaire artikelen. De theorie speelde ook een cruciale rol in het onderzoek dat Hubrecht in Utrecht startte. Hij had zich tot taak gesteld om als vervolg op Darwins theorie de stamboom van het leven te reconstrueren. Hubrecht behoorde tot de pioniers die daarbij vooral gebruikmaakten van embryologische kenmerken. Zijn onderzoek concentreerde zich op de evolutionaire oorsprong van de gewervelde dieren en van de zoogdieren.
Een van zijn eerste Gids-artikelen waarin de evolutietheorie meer dan in het voorbijgaan aan de orde kwam, was getiteld ‘Verwording’ (1885) en behandelde het verschijnsel degeneratie in de context van het darwinisme. Een aantal boeken dat recentelijk daarover door vooraanstaande dierkundigen was gepubliceerd, vormde zijn inspiratiebron. Het meest opvallende en ook het meest originele onderdeel van het artikel is Hubrechts slotbeschouwing waarin hij zich afvraagt of de mens geestelijk en intellectueel kan degenereren. Hij denkt dat dit zeer wel mogelijk is. De oorzaken zijn voor hem duidelijk: ‘Autoriteitsgeloof, bijgeloof, welbehagen in de producten der praatziekte door tong of pers verspreid, zijn even zoovele voorbeelden van geestelijk parasitisme [...] Ziedaar factoren, die meermalen geestelijke verwording, althans partiëele, te voorschijn roepen.’ Over de remedie voor deze kwaal had Hubrecht geen enkele twijfel: ‘In den zuiversten vorm wordt de strijd tegen de verwording op geestelijk gebied gevoerd door hen, die de wetenschap om harentwil