Dhondt spotte vaak met wetenschappelijke roem en academische wierook, maar was bijzonder gelukkig met de Prix Gobert die de Académie des Inscriptions et Belles Lettres (Parijs) hem in 1948 en in 1949 toekende en met zijn Prijs van de Kring der Alumni in 1948.
Dhondt kloeg er over dat doceren een vervelende bezigheid was, maar boeide telkens diep zijn gehoor met een soort intellectuele show, die hij als spontaan wilde laten doorgaan, maar die in feite tot in de details was voorbereid en doordacht. Dhondt wierp graag stenen in de historische kikkerpoel en de verwekte opschudding amuseerde hem bovenmate. Men late zich echter niet misleiden door die ondeugende toon. In feite verborg zich hierachter schroomvallig een heilige ernst en een verontwaardiging over toestanden op maatschappelijk, universitair of wetenschappelijk vlak die Dhondt of verkeerd of bekrompen of onefficiënt leken. De eerbiedwaardige Koninklijke Commissie voor Geschiedenis moest het zo menigmaal ontgelden. Ook de vader der Belgische historici altegader, H. Pirenne, was hem niet heilig (‘H. Pirenne, historien des institutions urbaines’, Annali della Fondazione italiana per la storia amministrativa, III, 1966).
Uit zijn omvangrijk oeuvre kunnen hier slechts de meest verdienstelijke bijdragen worden vermeld. Aanvankelijk ging zijn aandacht naar het ontstaan der vorstendommen bij de ontbinding van het Karolingische rijk. Dit vond zijn meest volmaakte neerslag in zijn Etudes sur la naissance des principautés territoriales en France, IXe-Xe siècles (Brugge, 1948) en de Korte geschiedenis van het ontstaan van het graafschap Vlaanderen (Brussel, 1942 en 19432), maar ook Brabant en Henegouwen kregen hun deel.
Door de uitgave in opdracht van de Koninklijke Commissie voor Geschiedenis van de Tafels van de Resolutieboeken der Staten van Vlaanderen 1631-1656 (Brussel, 1941) en daarbij aansluitende publicaties was echter zijn belangstelling gewekt voor de inwendige machtsverhoudingen en de sociale struktuur in het middeleeuwse Vlaanderen. In dit licht dienen zijn ‘De crisis van het grafelijk gezag in Vlaanderen na de dood van Arnulf I’, in Bijdragen tot de Geschiedenis en de Oudheidkunde (1943), de twee hoofdstukken over de oudste geschiedenis van Vlaanderen in de Algemene Geschiedenis der Nederlanden, II (1950), en vooral de bijdragen over de geschiedenis der Staten van Vlaanderen gezien. Onder deze laatste zijn ‘Ordres et Puissances. L'exemple des Etats de Flandre’ in Annales. Economies. Sociétés. Civilisations, V (1950) en ‘Les Origines des Etats de Flandre’ in Standen en Landen I (1950) richtinggevend geweest daar zij vooral de sociale achtergronden van de standenbeweging hebben belicht. Meteen was ook de opkomst der Vlaamse steden object voor Dhondt's onderzoek geworden: ‘Développement urbain et initiative comtale en Flandre au XIe siècle’, in Revue du Nord, XXX (1948). Nog verstrekkender en ruimer van zicht was de visie van de Westeuropese stadsgeschiedenis die hij naar aanleiding van ‘Les problèmes de Quentovic’ in Studi in onore di A. Fanfani (Milaan, 1962) ontvouwde. Ook zijn ingrijpen in het debat over het ontstaan van de taalgrens, ‘Essai sur l'origine de la frontière linguistique’, in L'Antiquité classique, XVI (1947) en XXI (1952) mag hier niet onvermeld blijven, omdat Dhondt's stelling door de latere onderzoekingen schijnt te worden bevestigd.
Op het gebied van de hedendaagse geschiedenis werd hij vooral aangetrokken door de sociale geschiedenis en door de industriële revolutie. De behandeling van ‘De sociale kwestie in België’, in Algemene Geschiedenis der Nederlanden, X (1955) verwekte opschudding omdat hij er in feite slechts oog had voor de opkomst van het socialisme. Dhondt was ook de leider van en een der voornaamste auteurs van de Geschiedenis van de socialistische arbeidersbeweging in België (Antwerpen, 1969). De groei van de Gentse nieuwe industrie was ondermeer het voorwerp van ‘L'industrie cotonnière gantoise à l'époque française’, in Revue d'histoire moderne et contemporaine (1955). In The Fontana