In weerwil der dappere verdediging tegen 25000 man, met grof geschut voorzien, werd Coyet het slagtoffer der kwaadsprekendheid zijner vijanden. Bij zijne aankomst te Batavia, werd hij in hechtenis genomen, en wegens lafhartigheid en verkeerde maatregelen op het schavot gebragt, met het zwaard over het hoofd gestraft en den 11den Junij 1665, na eene gevangenis van drie jaren, voor zijn leven naar Rosingain, een der Banda eilanden gebannen, waar hij tot in 1674 verbleef, toen hij, op verzoek van zijne kinderen aan Prins Willem III, en op diens voorspraak bij de heeren bewindhebberen, op zekere voorwaarden, uit zijne gevangenis ontslagen werd en naar het vaderland terugkeerde, welks eer hij, ten spijt van eenige laffe en verachtelijke wezens, had opgehouden.
Zijn vonnis werd evenwel niet vernietigd, evenmin zijne vervolgers, bij wie de schuld eigenlijk zat, gestraft. De tijd van zijn overlijden is niet bekend. Zijn broeder Petrus Julius was Minister in Zweden, die in 1667 te Breda overleed.
Zie 't Verwaerloosde Formosa of waerachtig verhael van het verwaerl. van dit Eyland door de Nederl. en het overromp. door de Chinezen. Amst. 1675, 4o. welk werkje gezegd wordt door Coyet ter zijner verdediging geschreven te zijn; Valentijn, Oud en Nieuw Oost-Indië, D. III. St. II. bl. 93, D. IV. St. I. bl. 371, 375, St. II. bl. 75-82, D. V. St. II. bl. 89, 92; van Kampen, Gesch. der Nederl. buiten Europa, D. II. bl. 105-113, dezelfde, Vaderl. Karakterk. D. II. bl. 331; van der Aa, Nieuwe Herinn. uit het gebied der Ned. Gesch., D. II. bl. 342; Teenstra, Bekn. Beschr. van de Nederl. Overz. Bezitt., D. II. bl. 580, 581, 629, 638.