in Deventer gruwelijke verwoestingen aanrigtte en ook het fraterhuis aantastte, begaf Florens zich met eenige der broeders naar elders, opdat de nog zoo jeugdige stichting niet uit zou sterven. Aemilius te Deventer achtergebleven, toonde zich zoo onverschrokken in de oppassing der pestzieken dat Florens in 1399, hem niettegenstaande zijne jeugdige leeftijd tot Priester ordende en hem bij zijn overlijden, op den 24sten Maart 1400, tot zijnen opvolger in bet bestuur van het fraterhuis aanwees. De vrees van velen, dat deze instelling te niet zou gaan, daar de pestziekte bijna alle hare oudste leden gelijkelijk had weggeraapt, maakte Aemilius weldra tot schande, zoodat de Broeders hem met den vreedzamen Salomo vergeleken, gelijk zij Florens den zegenrijken David noemden. De school, in wier bestuur Reinier van Haarlem hem behulpzaam was, werd zelfs zoo talrijk bezocht, dat de kerk alle scholieren en devoten, die op feestdagen ter collatie kwamen, naauwelijks kon bevatten. Gedurende zijn bestuur werd het klooster te Diepenveen door Johannes Brinckerinck gesticht, en was hij door het zenden van Broeders behulpzaam in het oprigten van fraterhuizen te Munster en te Delft. Droeg dus zijn bestuur goede vruchten, het was slechts van korten duur, reeds in 1400 door den typhus aangetast, bleef hij, na te vergeefs in Utrecht geneeskundige hulp te hebben gezocht, voortdurend sukkelen en overleed den 10den Junij 1404, nadat hij Johannes van Haarlem tot zijnen opvolger had aanbevolen. Hij werd begraven in de St. Lebuinuskerk, naast Lubbert Berniers en Johannes Kessel.
Behalve zijn zoo genoemd testament: Exhortatio de mutuacharitate servanda dat bij Thomas à Kempis, de Vitis Discipul. D. Florentii, en Dumbar, Anal I 59, in verschillende lezingen, voorkomt en een geschrift van hem over Lubbert Berniers, getiteld:
Epistola de felici obitu Luberti, insgelijks bij Thomas à Kempis te vinden, is ons verder geene schriftelijke nalatenschap van hem bekend.
Zie Thomas à Kempis, de Vitis Discipul. D. Florentii, Cap. V, IX, X; Foppens, Biblioth. Belg., p. 49; Sweertius, Athen. Belg., p. 118; Delprat, de Broeders. van Geert Groote, bl. 40.