Hij vluchtte naar Genève, waar hij corrector werd bij Henr. Stephanus. Vervolgens ging hij naar Bazel, in welke stad hij in dienst van Froben trad. In de herfst van 1577 keerde hij naar zijn vaderland terug en werd te Antwerpen secretaris van Ph. Marnix van St. Aldegonde. Binnen korten tijd kreeg hij een aanstelling als rector van de antwerpsche latijnsche school. Toen hij in 1578 met Marnix te Leiden vertoefde, werd hij benoemd tot professor in het Latijn en Grieksch aan de hoogeschool aldaar. Dit ambt aanvaardde hij pas in 1581. De redenen van dit uitstel zijn niet volledig bekend; het staat echter vast, dat de leidsche curatoren een onderzoek naar zijn particulier leven te Antwerpen hebben ingesteld (er liepen geruchten, dat hij vele schulden had gemaakt, enz.) en dat dit onderzoek eenigen tijd vorderde. Een talmen van drie jaren wordt hiermede evenwel niet verklaard. In 1610 verkocht Vulcanius, die toen bijna blind was, een groot gedeelte van zijn boeken en enkele handschriften (het eenig bekende exemplaar van den catalogus dezer auctie bevindt zich in het Museum Meermanno-Westreenianum te 's Gravenhage). Na zijn dood kochten de curatoren zijn handschriften van zijn broeder Franciscus voor f 1200 ten behoeve van de leidsche universiteitsbibliotheek aan. Hij stierf lichamelijk zeer verzwakt en werd 13 Oct. 1614 in de St. Pieterskerk te Leiden begraven.
Vulcanius was een man van opbruisend temperament, die echter in zijn wetenschappelijken arbeid zeer nauwkeurig was en bij het ordenen van zijn brieven, die hij alle bewaarde, de zorgvuldigheid van een idealen administrateur vertoonde. Ook als secretaris van den academischen senaat (van 9 Sept. 1581 tot aan zijn dood) voerde hij zijn administratie met dezelfde nauwkeurigheid. Was hij in menig opzicht een sterk gepassioneerd man, in zake den godsdienst was hij volkomen onverschillig. Vandaar dat Cunaeus; die zijn lijkrede hield, over zijn religieuze gevoelens geheel zweeg, tengevolge van welk stilzwijgen een kleine pennestrijd ontbrandde.
Voor de wetenschap is Vulcanius vooral van belang geweest door zijn uitgaven van grieksche schrijvers; sommige teksten werden door hem voor het eerst gedrukt, vele werden door hem voorzien van uitstekende latijnsche vertalingen; commentaren heeft hij slechts weinige, en dan nog van beperkten omvang, geleverd. Zijn werkzaamheid in de Nederlanden kan, tot op zekere hoogte, vergeleken worden met die van Budé in Frankrijk en van Reuchlin in Duitschland: hij wekte de studie van het Grieksch hier tot nieuw leven en wist tal van leerlingen te inspireeren. Immers de uitnemende Griekschkenner Erasmus was te veel cosmopoliet en had het onmiddellijke contact met zijn vaderland verloren.
Bovendien was V. een geleerde met veelzijdige belangstelling: hij bewoog zich ook op het gebied der historie en deed veel voor de studie van het Gotisch (zoo gaf hij o.a. Iornandes uit en publiceerde hij in 1597 zijn werkje De literis et lingua Getarum sive Gothorum). Van zijn latijnsche gedichten is slechts een klein gedeelte tot ons gekomen, doch de kenners zijn het er over eens, dat dit weinige een groot talent verraadt.
Zijn door een onbekend kunstenaar geschilderd portret is in de universiteitsbibliotheek te Leiden; een door A. van Halen voor het Panpoëticon Batavum geschilderd miniatuur in het Rijksmuseum te Amsterdam; prenten door W. Swanenburg en ook in de Icones profess. Lugd. (1613) en in Academia Leidensis, 178.
Zie: P.C. Molhuysen, Bronnen tot de