5 Nov. 1751 werd hij deken van het utrechtsche kapittel in plaats van Nic. Broedersen. Over het rentevraagstuk ontstond in zijn partij een groot meeningsverschil, wat aanleiding gaf tot veel tweedracht en geschrijf, waarin zich Meganck mengde. Ook bestreed hij den subdiaken Leclerc van Rouaan, die in Holland verbleef, en theses over de leer van Jansenius, over het gezag van den Paus, der H. Vaders, en der Kerk, enz. verkondigde, welke te zeer indruischten tegen de gevoelens der utrechtsche kerk zelf, en besproken en veroordeeld werden op een concilie der Oud-bisschoppelijken, 1763 te Utrecht gehouden. Meganck leverde een duidelijk, op flinke methodische wijze opgesteld rapport over de geschriften van Leclerc.
Toen 7 Febr. 1768 Walter Mich. Nieuwenhuysen bij de Oud-katholieken tot aartsbisschop werd gewijd door den oud-katholieken bisschop Joannes van Stiphout, werd deze bijgestaan, in plaats van door een derden bisschop, door den deken van het zoogen. kapittel van Utrecht F. Meganck. In een breve van 1 Juni 1768 sprak paus Clemens XIII de excommucatio uit over den bisschop, die wijdde en zijn assistenten en over den wijdeling (Archief Utrecht XIII, 338).
Meganck was een der 74 onderteekenaars van de utrechtsche geestelijken van het appèl tegen de pauselijke bul Unigenitus op het algemeen concilie 1719. J. Blanckaert, een bekeerd Jansenist, noemt hem verkeerd ‘Brugensis’ (Archief Utr. VII, 439). Van Erckel, bij wien Meganck kapelaan geweest was, kwam na zijn ontslag als pastoor te Delft, toen hij het met zijn opvolger niet kon vinden, bij Meganck zijn laatste dagen slijten. Meganck zelf nam hoog bejaard 1771 ontslag als pastoor en zorgde, dat Mr. Adriaan Wittert, een familielid der amsterdamsche familie Wittert-Krijs (zie art. J. Krijs, kol. 559) zijn opvolger werd als pastoor, bij wien hij bleef inwonen. Hij werd te Warmond begraven in het graf, waar ook Quesnel, van Heussen, Steenoven, Barchmans-Wuytiers hun rustplaats vonden. Adr. Wittert hield zijn lijkrede, welke gedrukt werd.
Meganck's brief La lettre sur la primautè de St. Pierre et de ses successeurs (Utrecht 1764 en 1772), gericht tegen Leclerc werd besproken in: Nouvelles ecclésiastiques (21 Mai 1764), 81-84. P. Pinel, Oratoriaan, bestreed het geschrift van Meganck, waarover Nouvelles ecclésiastiques 21 Mrt. 1764 een verslag en kritiek gaf. Meganck wordt vermeld in Michaud, Biogr. universelle XXVII, 500; Nouvelle biogr. générale XXXIV, 718; Quérard, La France littéraire VI, 14; Dictionnaire de théol. cathol. (Paris 1928) in voce; Nouvelles eccl. (1776), 161-162. Het uitvoerigst wordt hij behandeld door: M. Goethals, Histoire des lettres, des sciences et des arts en Belg. (Brux. 1840) I, 379-390. Vandeputte, Biographie des hommes remarquables de la Flandre occidentale IV, 98-105, neemt dit artikel over, dat ook verkort overgenomen is in de Biographie nationale Belg. XIV, 286-290. Met een kleine aanvulling vindt men het ook in: Rembry-Barth, Histoire de Menin (Bruges 1881) IV, 739-746, met een aanteekening over Meganck van 1732 uit: Analectes hist. eccl. Belg. XI (1874), 425-426. Verkeerd beweren Biogr. nat. en Diction. de théol., dat Meganck overleed te Utrecht en de laatste zegt er nog bij dat hij begraven werd te Egmond in plaats van te Warmond. Goethals en na hem de Biogr. nat. Belg. geven 8 werken op van Meganck in het Latijn, Fransch en het Nederlandsen, meest alle strijdschriften en anonym uitgegeven.
Fruytier