Meer dan om zijn 33-jarig professoraat is hij bekend, bij enkelen beroemd, bij velen berucht geworden om hetgeen gedurende zijn diensttijd te Nijkerk van hem uitging. Wat reeds in Amsterdam onder zijn preeken begon, zette zich op angstwekkende wijze voort, vooral te Nijkerk. De aldaar ontstane en van daar over vele streken van ons land zich uitbreidende ‘godsdienstberoeringen’ waren van dien aard, dat ‘de in zwijm gevallen menschen naar de pastorie gebracht moesten worden, en dáár werd het beneden en boven, in kelder en op den zolder een weenen, roepen en klagen...! In de kerk werd van de preek geen woord verstaan door het gegil en gekerm: Jezus! Jezus! O! Ik arme zondaar!" enz. En dat in een gemeente waar ‘een versteende leerheiligheid te zamen was met groote onzedelijkheid’, .... voor wie afwijking van ook maar één letter der formulieren doodzonde, maar zwakheid des vleesches zeer gewoon was’ (Knappert). Eerst zag Kuijpers de beweging met welgevallen, later oordeelde hij haar een ‘blijk van Satans macht die zijn slaven wilde behouden’. Men leze dat alles breedvoerig in de aangegeven bronnen. Zóó vele zijn de geschriften, hieruit voortgevloeid, dat ‘een liefhebber’ uitgaf: Register of lijst van al de tractaten die tot heden toe over het werk der bekeering in Nieuwkerk [Nijkerk], Aalten en andere plaatsen zijn geschreven (Leiden 1752). In bovengenoemde inaugureele rede vond Kuijpers (op 6 Dec. 1765) gelegenheid zich over geestdrijverij afkeurend uit te spreken en de ‘enthousiasten’ een schadelijk en vijandig geslacht te noemen .... Zóó spoedig was deze profeet ontrouw geworden aan de idealen zijner jeugd (Knappert). Ten slotte bleek de heele geruchtmakende beweging ‘niet van veel gewicht’.
Zijn eerste vrouw was Anna Catharina Huysinkvelt. Haar zoon Christiaan François Kuijpers, geb. te Nijkerk, is ook predikant geweest (overl. te Wolfaartsdijk 16 Juni 1798). Zijn tweede vrouw was Josina Petronella Alberda, weduwe van Anthonius Ewald Sichterman.
Kuijpers schreef o.a.: Ja en Neen (Leid. 1751); Pleitrede teegen J. van den Honert (Amst. 1751) (vgl. dl. VIII, kol. 816v.); Tweede pleitgedeelte (Utr. z.j.); Neerlands licht in duisternis (Gron. 1783); Het oogmerk der komst van den Zoon des menschen (Gron. 1786); De Christen patriot (Gron. 1786); Memoria Michaëlis Bertlingii (Gron. 1772) (vgl. dl. VII, kol. 111).
Van de geschriften, boven bedoeld in ‘Register of lijst’ van 1752, noemen wij: Gamaliëls raad .... toegepast op het berugte bekeeringswerk te Nieuwkerk; Getrouw Verhael en Apologie der zaaken, voorgevallen te Nieuwkerk op de Veluwe (Amst. 1750); Aenmerkingen op het getrouw verhaal (Amst. 1750); H. Kennedy, Nadere verdediging van het werk des H. Geestes te Nieuwkerk (Rott. 1751); J. Groenewegen, Antwoord aan J. van den Honert (Gorinch. 1751); H. Kennedy, Aanmerkingen tegen van den Honert (Rott. 1752); Brieven geschreven aan .... juffer N.N. met een aanhangsel, rakende de ongewone verandering en bekeering te Aalten; Een opregt verhaal en een verdediging van het werk .... in Amsterdam in de jaren 1751 en 1752; Bijbelsch onderzoek ter ontdekking van de gestalte van beroerde en verslagene zielen door B. van Medenbach, pred. te Winkel; Brief van Kuijpers aan zijn ouders in Nederlandsch Jaarboek (1751), blz. 157.
Zie: B. Glasius. Godgeleerd Nederland II ('s Hert. 1853), 320; W.J.A. Jonckbloet Gedenkboek der Hoogeschool te Groningen (Gron.