in Oct. van dat jaar verhuisde hij naar 's Gravenhage. Hij heeft hier op onderwijsgebied veel gearbeid, maar bewoog zich ook op het gebied der algemeene en der koloniale staatkunde.
De eerste jaren sedert 1866 werden ingenomen door strijd tegen de conservatieven, maar sedert 1869 waren de liberalen meester. Intusschen was hun verdeeldheid, gevolg van hun onafhankelijkheidszin, reden, dat er veel minder goeds op wetgevend gebied tot stand kwam dan mogelijk geweest ware. Daaraan was Jonckbloet mede schuld. Hij was een van de 13 liberale leden, die 2 Mei 1872 stemden tegen het voorstel van minister Blussé (dl. IV, kol. 169) tot heffing van een directe belasting op het jaarlijksche zuivere inkomen, dat met 51 tegen 27 stemmen verworpen werd, en een van de 8 liberale leden, die stemden tegen het voorstel van minister Geertsema (dl. III, kol. 435) tot een zeer matige censusverlaging, dat 19 Juni 1874 met 39 tegen 32 stemmen werd afgewezen.
Hoewel men in het district Winschoten niet tevreden was over de wijze waarop hij zijn mandaat waarnam, en bij zijn periodieke aftreding in 1875 een liberaal tegenover hem candidaat werd gesteld, werd hij toch herkozen. Bij de behandeling der hooger onderwijswet heeft hij zich zeer geweerd. Hij voerde bijna over ieder artikel het woord. O.a. stelde hij een amendement voor om, evenals dat bij middelbaar en lager onderwijs het geval was, voor het toezicht op bijzondere hoogescholen, die nu toegelaten werden, inspecteurs in te stellen. Na de discussie trok hij het in, het werd nu door Lenting (dl. IV, kol. 902) opnieuw ingediend, maar met 44 tegen 21 stemmen verworpen.
Bij de organisatie der hoogescholen ingevolge genoemde wet werd J. op 10 Sept. 1877 tot hoogleeraar voor de nederlandsche letterkunde te Leiden benoemd. Hij verhuisde naar Leiden en nam ontslag als Kamerlid.
Jonckbloet's wetenschappelijk werk ging bij dat al zonder onderbreking voort; zijn belangrijke uitgaven en studies van middeleeuwsche nederlandsche en oudfransche dichtwerken, tot wier verklaring hij bijdragen leverde die ook buiten ons land waardeering vonden, hadden hem reeds een geschiedenis der middelnederlandsche letterkunde doen schrijven in zijn groningschen tijd In 1868-72 groeide daaruit zijn Geschiedenis der nederlandsche letterkunde in 2 dln., in latere drukken tot 6 dln. uitgebreid, een werk dat den grondslag legde voor de wetenschappelijke beoefening onzer letterkundige geschiedenis en hem recht geeft op een gelijke eereplaats als zijn vriend M. de Vries voor de ontwikkeling der nederlandsche taalkunde toekomt. J. is scherp en subjectief in zijn aesthetisch oordeel, daardoor vaak prikkelend tot tegenspraak en door een volgend geslacht te spoedig als verouderd ter zijde geschoven. Voor vele bijzondere onderwerpen is zijn boek, ondanks de later verschenen uitvoerige literatuurgeschiedenissen, nog met vrucht te raadplegen.
Op 21 Sept. 1883 werd hem wegens den staat zijner gezondheid met ingang van 1 Oct. d.a.v op zijn verzoek eervol ontslag als hoogleeraar verleend. Hij is toen te Wiesbaden gaan wonen; in Mei 1885 keerde hij, meenende hersteld te zijn, te 's Gravenhage terug, maar in Sept. moest hij weder naar Wiesbaden vertrekken, waar de dood hem nog heeft overvallen.
Hij werd in 1841 lid van de Maatschappij der nederlandsche letterkunde te Leiden en 24 Mrt. 1855 van de Academie van wetenschappen, afdeeling letterkunde. Verder was hij lid van vele binnen- en buitenlandsche letterkundige vereenigingen.