broeder gevangen gezet. Deze gevangenschap duurde tot 1597 (in de gevangenis huwde hij Sept. 1594 met een vermogende koopmansweduwe, Mrs. Thomasine Boyes, die hem 300 pond sterling ten huwelijk bracht), toen beiden broeders werd vergund in New Foundland een kolonie te stichten. Het schip, waarop de overtocht plaats zou vinden, had evenwel een ongelukkige reis en ten slotte kwamen de ballingen te Amsterdam terecht. Aldaar werden zij opgenomen in de gemeente van Henry Ainsworth (zie kol. 16): Francis werd hersteld in zijn oude waardigheid van pastor of teaching elder. Reeds in 1598 droeg hij zorg, dat de belijdenis van Ainsworth, die hij in allen deele goedkeurde, met de voorrede niet alleen in het Engelsch herdrukt, maar ook van een latijnsche vertaling voorzien werd (Confessio fidei Anglorum quorumdam in Belgia). Pogingen om betreffende deze belijdenis een gunstige uitspraak van de leidsche theologische faculteit te verkrijgen, mislukten evenwel (1598-99). Spoedig echter braken er door toedoen van Francis twisten uit onder de amsterdamsche Brownisten. Francis was zeer heerschzuchtig van aard en vooral zijn broeder George trad als zijn tegenstander op: laatstgenoemde verweet Francis, dat hij een te weelderig leven leidde (Francis woonde ‘in a great house by the Regulierspoort’) en dat bovenal zijn vrouw zich voor een Browniste te overdadig en opzichtig kleedde. Den vredelievenden Ainsworth gelukte het niet een breuk te voorkomen; Francis ontzag zich niet zijn broeder George en zelfs zijn vader, die uit Engeland was overgekomen om de zaak bij te leggen, uit de gemeente te bannen (1602). Een achttal jaren bleef daarna de gemeente van Ainsworth en Johnson geheel intact; Johnson voerde in dien tijd polemieken met Henry Jacob en Thomas White (zie art. in dit dl.). De gemeente telde in dien tijd een 300-tal leden; sinds 1606 stond daarnaast een tweede engelsche gemeente onder John Smyth (zie art. in dit
dl.), welke echter de meest vriendschappelijke betrekkingen onderhield met die van Johnson. Maar Smyth scheidde zich reeds in 1608 van de Brownist en af, terwijl ook al spoedig John Robinson (dl. V, kol. 604) met zijn medestanders uit de gemeente van Johnson uittraden en zich te Leiden vestigden (1609). Ten slotte brak een hevige twist uit tusschen de volgelingen van Ainsworth en van Johnson (Ainsworthianen en Johnsonianen of Franciseanen): op 16 Dec. 1610 verlieten eerstgenoemden voorgoed de gemeente van Johnson, die terstond daarna Ainsworth ontzette van zijn ambt en hem zoowel als zijn vrienden trof met een plechtigen banvloek. In 1612 moest Johnson op bevel van schepenen van Amsterdam het kerkgebouw der gemeente aan Ainsworth en de zijnen afstaan. Hij week met een deel der zijnen naar Emden uit om daar zijn geluk te beproeven, maar keerde na eenigen tijd onverrichter zake terug en hervatte te Amsterdam zijn ambt van pastor in zijn van vele leden beroofde gemeente tot zijn spoedig daarop gevolgde dood.
Hij schreef nog: An answer to Maister Henry Jacob his defence of the churches and ministery of England (Amsterdam? 1600); An apology or defence of such true christians as are .... called Brownists (Amsterdam? 1604, nederl. vert. 1612); An inquirie and answer of Thomas White, his discovery of Brownism (Amsterdam? 1606); Certayne reasons .... proving that it is not lawfull to .... have any sprituall communion with the present ministerie of the church of England (Amsterdam? 1608); A brief treatise containing .... reasons against two errors of the Anabaptists (Amsterdam? 1609-10, herdr. 1645); A short