Jacob Hayesz (‘Jacobus filius Hajonis’), hetgeen wijst op een friesche afkomst, zoodat waarschijnlijk onjuist is de mededeeling van P. Scheltema in Het leven van.... Mr. Jacobus Scheltema (Amst. 1849), dat Jan Jacobsz stamde uit de zuidnederlandsche familie de Heere, die om het geloof uit Vlaanderen naar Harlingen was gevlucht. Blijkbaar is de onjuiste identificatie van een Jan Jacobsz (de Heere) met onzen Jan Jacobsz de oorzaak van dit misverstand.
Jan Jacobsz werd waarschijnlijk in 1582 tot leeraar en kort daarna tot oudste bij de gemeente der Friezen gekozen. In den geloove toonde hij zich zeer streng: hij was een sterk voorstander van de echtmijding, van het straffen van buitentrouw met verbanning uit de gemeente en van den herdoop der Vlamingen, die uit hun land waren gevlucht. In deze drie toenmaals brandende kwesties waren zijn medestanders Tijs Gerritsz en Joost Ewoutsz en zijn tegenstanders de milder gestemden Hoyte Renix, Pieter Willemsz Boogaert en Lubbert Gerritsz. Na den dood van den invloedrijken Jan Willemsz (1588), die een scheuring had weten tegen te gaan, barstte de strijd eerst recht los: Jan Jacobsz c.s. banden Lubbert Gerritsz met zijn aanhang uit de gemeente (1589), die sindsdien verdeeld was in ‘Oude’ of ‘Harde Friezen’ en ‘Jonge’ of ‘Zachte Friezen’.
In 1599 had te Harlingen een vergadering plaats van leeraren van alle gemeenten in Friesland, waar Jan Jacobsz een zevental zeer strenge bepalingen voorstelde en doordreef; een der bepalingen luidde, dat een zuster, die met een niet-doopsgezinden man was gehuwd, vóór de bevalling van den man moest eischen, dat hij het kind zou laten doopen; bewilligde de man niet, dan moest de moeder het aan het vaderlijk gezag onttrekken. Een en ander bracht hem in heftigen twist met Pieter Jeltjes, leeraar te Kollum, hetgeen een splitsing van de Oude Friezen in het Jan-Jacobsvolk en in het Pieter-Jeltjesvolk ten gevolge had. Bovendien veroorzaakten zijn eigenaardige leeringen, dat hij door het Hof van Friesland ten eeuwigen dage uit de provincie werd gebannen (1600). Hierop vestigde hij zich te Hoorn, doch hij kreeg na verloop van tijd verscheidene malen van het Hof verlof om gedurende korten tijd Friesland te bezoeken. Zijn vrouw verhuisde in 1612 voorgoed naar Harlingen; hij zelf overleed op een zijner reizen ten huize van zijn zuster Griet Jacobsdr. te Leeuwarden en werd begraven te Harlingen in het graf van zijn vader, waar ook Leenaert Bouwens een laatste rustplaats had gevonden.
Jan Jacobsz was eerst gehuwd met Tette Meinemadr. van Aken, later met Ieslie Fransdr., hetgeen blijkt uit de beginletters van de coupletten der liederen, die hij aan beiden wijdde. Op dezelfde wijze zijn ons overgeleverd de namen zijner zusters Elisabeth, Cornelia, Griet en Jaepjen. Het toedichten van een nakomelingschap aan Jan Jacobsz die den naam Scheltema aangenomen zou hebben, berust eveneens op de onjuiste identificatie van een Jan Jacobsz de Heere en onzen Jan Jacobsz.
Nog bij zijn leven werden de door Jan Jacobsz vervaardigde liederen verzameld door Harmen Harmensz en Pieter Willemsz en na zijn dood uitgegeven onder den titel Eenighe Gheestelijcke Liedekens, gemaeckt aen verscheyden persoonen door Jan Jacobs zoon van Harlinghen. Welcke Liedekens meestendeel bij een vergadert, door H.H. ende nae volghende voort ten vollen bij een vergadert ende gestelt op d'ordonnantie vanden A.B.C. met de aenwijsinghen op de canten (Amst. 1612). Zij bezitten geen dichterlijke waarde; door zijn volgelingen zijn zij bij
Auteursrecht onbekend