1793 verloor, was Huber te Breda, hij trok toen met het leger terug. De vreemdenlegioenen werden in Nov. 1793 ontbonden. Den winter 1793-94 sleet hij eerst op een buitenplaats tusschen Rijsel en Meenen en vervolgens bij zijn zwager H. Tuinhout te Duinkerken, ook een uitgewekene.
In 1794 werd hij door de fransche regeering aangewezen als agent, om te trachten, Frankrijk van levensmiddelen te voorzien. Hij deed daarvoor een reis naar Hamburg, waar hij 30 Juni aankwam. Hij had weinig succes, maar had het geluk, te Oldenburg zijn vrouw, die te Groningen was gaan wonen, te ontmoeten. Hij woonde eenige maanden te Zwolle en te Kampen, en keerde na het in Nederland binnenrukken van het leger van Pichegru in Friesland terug.
Op 7 Febr. 1795 werd door de Staten-Generaal bepaald, dat alle veroordeelingen wegens de gebeurtenissen van 1787 geannuleerd werden. Hij werd dadelijk lid van het comité revolutionnair en kort daarna lid van de vergadering van provisioneele representanten van Friesland, die optrad ter vervanging van de Staten. Hij nam 19 Febr. 1795 zitting en werd denzelfden dag gekozen tot afgevaardigde naar de Staten-Generaal in den Haag, waar hij 25 d.a.v. aankwam. Van 30 Mrt. tot 6 Apr. was hij president der Staten-Generaal.
Hij heeft als lid van dit lichaam veel gearbeid en werd o.a. benoemd als een der 4 leden tot het voeren der onderhandelingen met de beide gevolmachtigden van Frankrijk, welke eindigden in het verdrag van den Haag van 16 Mei 1795, waarbij wel de generaliteitslanden behalve Brabant werden afgestaan, maar waarbij erger voorkomen werd. Voor de teruggekeerde uitgewekenen heeft hij in dezen tijd veel gedaan. Hij voerde de hoofdcorrespondentie met de achtereenvolgende besturen in Friesland en wel in zeer gematigden zin.
In Mei 1795 werd hij met twee anderen benoemd tot muntmeester-generaal, hij bleef dit tot kort na Jan. 1798, toen het muntwezen overging naar het toen opgerichte agentschap van Financiën. Op 16 Juni 1795 hadden de eerste verkiezingen voor de Staten van Friesland plaats, Huber werd toen gekozen voor Menaldumadeel, maar nam als afgevaardigde ter Staten-Generaal geen zitting. In laatstgenoemde kwaliteit presideerde hij op 29 Dec. 1795, toen de Staten-Generaal eindelijk moesten beslissen over de reeds 29 Mei te voren gedane voorstellen van Holland om hun bevoegdheden aan een Nationale vergadering over te dragen. Daar hij tegenstander was van deze overdracht en ook de Staten van Friesland er tegen waren, verliet hij den voorzitterstoel, zeggende geen bevoegdheid te hebben, in deze te beslissen. Toen werd de zetel door den vorigen president P. Pijpers ingenomen en met 4 tegen 3 stemmen (de stemming geschiedde nog provinciesgewijs en 2 provinciën hielden zich onzijdig) tot de overdracht besloten. Tevens werd besloten, dat het ontworpen en 13 Dec. 1795 ingeleverde reglement, zooals het nu veranderd was, van 18 Febr. 1796 van kracht zou zijn. De houding van Huber sproot waarschijnlijk voort uit de vrees, dat er met hulp van de fransche militaire macht een staatsgreep zou plaats hebben, gelijk later tot driemaal toe het geval geweest is.
Als afgevaardigde ter Staten-Generaal richtte hij in het laatst van Jan. 1796 een schrijven tot zijn friesche vrienden, hetwelk onderschept werd. Daar juist in Friesland op 26 Jan. een revolutie had plaats gehad, werd Huber bij besluit van 28 d.a.v. afgezet als afgevaardigde naar de Staten-Generaal.
Op 10 Febr. had in Friesland een tweede revolutie plaats, waarbij tot een gematigd republikeinsch bewind teruggekeerd werd, terwijl op 22 d.a.v. de