1797 heftig verzette tegen de behandeling van een aantal adressen, ingediend naar aanleiding van een radicaal manifest tegen de, trouwens nog niet bekend gemaakte, nieuwe constitutie door 43 leden der vergadering.
Wegens zijn gematigde beginselen werd hij evenals 27 zijner ambtgenooten, tijdens den staatsgreep van 22 Jan. 1798 gevangen genomen. Hij deelde met 21 hunner het lot, tot 3 Febr. op de Voorpoort en daarna op het Huis ten Bosch gevangen te zijn. Eerst ruim een maand na den staatsgreep in gematigden zin, en wel op 14 Juli d.a.v., werd hij vrijgelaten.
Bij de nieuwe verkiezingen werd hij 15 Juli 1798 in het district Eindhoven tot lid van het Vertegenwoordigend lichaam gekozen, maar hij had, om niet verkiesbaar te zijn, zich niet op het register der kiezers in zijn woonplaats doen inschrijven. Hij kon dus geen zitting nemen. Maar op 28 Aug. d.a.v. werd hij in de Eerste Kamer gekozen tot een der 3 candidaten voor een der 5 leden van het Uitvoerend bewind, in plaats van Mr. H. Hettema, die gebleken was, niet verkiesbaar te zijn. Hij werd 31 d.a.v. uit dat drietal tot lid gekozen. Hij vestigde zich nu in den Haag en is daar, driekwart jaar te Aurich uitgezonderd, tot zijn overlijden blijven wonen.
Toen de Engelschen en Russen in Aug. 1799 een inval in Noord-Holland deden, heeft van Hooff in overleg met den franschen generaal Brune gedaan gekregen, dat de terugtrekkende bewegingen onzer troepen weder in voorwaartsche veranderden; hij was hier van 1 Sept. tot 15 Oct. werkzaam.
Overeenkomstig de loting trad hij 10 Juni 1200 als lid van het Uitvoerend bewind af. Daar hij in de eerste twee jaren na zijn aftreding geen openbare betrekking mocht bekleeden, bleef hij ambteloos.
Na den staatsgreep van 19 Sept. 1801 werd hij door het Staatsbewind 22 Oct. d.a.v. tot lid van het Wetgevend lichaam benoemd, maar daar hij niet was ingenomen met de nieuwe staatsregeling, bedankte hij voor de benoeming. Hij heeft zijn aanmerkingen daarop aan den generaal Victor, toen het hoofd van het fransche leger h.t.l., in een uitgebreide memorie medegedeeld. Deze memorie is door den eersten consul gelezen en heeft wellicht grooten invloed op het lot der republiek gehad. Of deze handelwijze correct was, is aan twijfel onderhevig.
Op 10 Aug. 1803 werd van Hooff in het departement Bataafsch Brabant opnieuw tot lid van het Wetgevend lichaam gekozen, maar hoewel hij deze benoeming nu wel wenschte, werd hij niet toegelaten, daar hij nog steeds niet op het register der kiezers geteekend had. Hij deed dit nu en werd 16 Nov. d.a.v. opnieuw gekozen.
Schimmelpenninck, die hem kende, benoemde hem 6 Mei 1805 in het zeer besnoeide Wetgevend lichaam, hij en Cuypers (dl. VII, kol. 350) waren nu de eenige leden voor Brabant.
Toen Lodewijl door zijn broeder tot koning van Holland benoemd was, werd van Hooff afgevaardigd om hem aan de grens welkom te heeten. Hij maakte een zoo gunstigen indruk op hem, dat hij reeds 4 Juli benoemd werd tot directeur-generaal van Justitie en Politie. Zulk een belangrijke betrekking was hem, die nu eerst de gevolgen van zijn vele gevangenschappen en verdere opwindende jaren, ook lichamelijk, begon te voelen, te zwaar. Hij deed van den aanvang af zijn uiterste best om van dit ambt ontheven te worden. Dit gelukte hem eerst het volgende jaar, toen de Koning hem 18 Mei 1807 benoemde tot commissaris-gene-