Daechs-vaerdicheyt enz. (14 Juni 1630), volgde van gereformeerden kant (24 Juni 1630): Naerder openinghe van de manifeste bij de vier predicanten binnen S'hertogenbossche den 16 Maij uytgegeven aen de geestelijckheyt aldaer ....
Te Heusden teruggekeerd, streed Voetius herhaaldelijk tegen alle ‘neutrale’ Calvinisten met ‘momaengesichten en bullebacken van godtvreesentheydt’. Zijn arbeid vond waardeering in ruime mate; vele gemeenten hebben hem beroepen. Intusschen zette hij zijn wetenschappelijke studiën ijverig voort, en schreef hij tegen Jacobus Bursius Lacrymae crocodili abstersae (1627), en tegen Daniel Tilenus Proeve van de cracht der godtsalicheyt (1627) enz.
Op 12 Juni 1634 ontving Voetius de benoeming tot hoogleeraar in de theologie en in de hebreeuwsche en oostersche talen te Utrecht, welk ambt hij op 21 Aug. d.a.v. aanvaardde met: De pietate cum scientia conjungenda. Te Utrecht woonde Voetius in de ‘Poelenburch steege’. Bij de verandering van Utrechts ‘illustre’ in een ‘hooge’ school hield hij een predicatie over Luc. 2:46. Hij promoveerde tot ‘doctor theologiae’ op 13 Aug. 1636 onder Gomarus, en bracht daarna met zijn oudsten zoon Paulus eenige dagen in Engeland door. Als rector magnificus trok hij partij voor de oude peripatetische philosofie tegenover het verbreiden van de nieuwe beginselen van Descartes door Henricus Regius, buitengewoon hoogleeraar te Utrecht. Stellingen over het atheïsme vonnisten dezen franschen wijsgeer. Ook bestreed Voetius zijn ambtgenoot Coccejus te Leiden over het leerstuk van de rechtvaardiging. Zijn disputationes toonden zijn puriteinsche ‘precysheyt’ in zake het dansen, over het tooneel, het overmatig eten en drinken, de weelde in woning en huisraad, het optooien van hoofd en aangezicht, den woeker gedreven door lommerd- en tafelhouders, het gebruik van de geestelijke goederen, het patronaatschap, het hazardspel, het orgel bij den kerkzang en vele andere zaken. Het spreekt vanzelf, dat Voetius door zijn optreden velen tot zijn tegenstanders maakte op verschillend terrein. Buiten dit alles, en boven het uitgeven van zeer vele theologische werken (zie de volledige opgave daarvan in de genoemde ‘registers’ op Duker's werk, blz. 168-174) was Voetius predikant, hield hij onderscheidene catechisatiën, leidde hij consistoriale vergaderingen of was hij daarin tegenwoordig, nam hij zitting in verschillende commissies in opdracht van den kerkeraad, stelde hij remonstranties op, had hij tallooze vrienden, stond zijn huis voor velen open, enz. Veel is te
verhalen over zijn verhouding tot Jean de Labadie, Anna Maria van Schurman, Jacobus Koelman, Martinus Schoock, Samuel Maresius, Lambert Velthuysen, Willem Teellinck, Abraham van de Velde en vele anderen.
Voor het laatst preekte Voetius in de Catharijnekerk op 23 Nov. 1673 en nam hij nog een rectoraat op zich tot 16 Maart 1676. Sedert 7 Oct. d.a.v. was hij gebonden aan zijn legerstede. Op 3 Nov. werd hij begraven in de Catharijnekerk. Andreas Essenius hield 4 Nov. op hem de ‘oratio funebris’, Cornelius Gentman op 5 Nov. de ‘lyck-predikatie’, Jodocus van Lodenstein e.a. schreven grafdichten over verschillende portretten van Voetius (zie in Duker's werk dl. I, bijlagen blz. iv, en dl. III, bijlagen blz. lxvii-l. Zie voorts het portret vóór de meergemelde ‘registers’ met onderschrift van A.M. van Schurman, en het ‘albumblad’ ingevuld door Voetius als blijk van toegenegenheid jegens Arnoldus Craft.
Zijn portret werd geschilderd door N. Maes,