vroeg hij een tweejarig verlof naar Europa aan, na het korte verblijf in Rembang nog benut te hebben door de invoering van een nieuwe organisatie van het boschwezen, door de uitbreiding der tabaks- en suikercultuur, den aanleg van belangrijke waterleidingen ten behoeve der sawahs en door het verwijderen van een regent, die de bevolking jaren achtereen had gekneveld. Met verlof in Holland zijnde, vervielen door den dood van de Eerens een groot deel van zijn grieven, en door een geheim schrijven van den minister van mar. en kol. (26 April 41) volkomen bevredigd, vertrok hij vol moed weer naar Indië, waar de waarn. G.G. Pieter Merkus hem 24 Januari 42 benoemde tot gouverneur der Molukken. Ook hier deed hij wat zijn hand vond om te doen, al moest hij zich evenals de landvoogd zelve, dikwijls bepalen tot vertoogen, wenschen, rapporten, die in den Haag verre van welkom waren. Zooveel de omstandigheden het toelieten, trachtte hij in die zoo stiefmoederlijk behandelde gewesten nuttig werkzaam te zijn. Zoo bewerkte hij, dat de nagelcultuur in regelmatige tuinen, die voor de bevolking een drukkende last was, op zijn voorstel werdingetrokken door den G.G. Merkus, die in 1824 als gouverneur dat tuinenstelsel had moeten invoeren. Op S. initiatief werden ook proeven genomen met de nopal- en moerbeziencultuur en die van cochenille en peper. De organisatie van het burgerweeshuis te Ambon, waarbij vooral het aanleeren van nuttige ambachten op den voorgrond kwam te staan, bracht hij eveneens tot stand.
Na een zeer inspannende loopbaan in de tropen van een kwart eeuw, meende hij dat de tijd van rusten voor hem aangebroken was. Op verzoek eervol ontslagen, gaf hij op 1 Sept. 1845 het bestuur aan zijn opvolger over. Te betreuren is het dat een man van zijn werkkracht en verdiensten niet in den Raad van Indië is opgenomen. Ook van hem had dit staatslichaam kunnen getuigen: niets ontbrak aan zijn roem, hij ontbrak aan den onzen. Op de terugreis deed hij nog een reis over geheel Java, daartoe in staat gesteld door het hem verleende genot van vrij gebruik van postpaarden door den juist aangekomen G.G. Rochussen (1845-51).
Zijn verdiensten als lid van het Bat. Genootsch. v.K. en W. waren reeds in 1825 bij zijn vertrek naar Soerabaja erkend door zijn benoeming tot honorair besturend lid dier vereeniging. Sedert was hij nog vereerd met het lidmaatschap der Aziatische Sociëteit en vele andere buitenlandsche genootschappen. Het genootschap Natura Artis Magistra zond hem zijn benoeming tot honorair dirigeerend lid, terwijl de Holl. Mij van Wetensch. hem hare gouden medaille toekende.
Na het overlijden van zijn eerste echtgenoote in 1837, huwde hij Maria Margaretha Bik, geb. te Amsterdam 1802 en aldaar overleden 28 Maart 1864. Bij aankomst in Holland vestigde hij zich op het Huis de Beze bij Zwolle, woonde later te Rijswijk (Z.H.) en sedert 1859 in den Haag, waar hij in 1868 in den nederlandschen adel verheven werd met het praedicaat van jonkheer.
Hij schreef een autobiografie, opgedragen aan de kiezers in het hoofd-kiesdistrict Hoogeveen. Zij bestaat grootendeels uit officieele stukken. Verder nog: Bijdrage voor de hulpbronnen van nationale welvaart in het Tijdschr. voor Staathuishoudk. en Statistiek van Sloet tot Oldhuis; een verhandeling over den door hem zoo vereerden J.P. Coen en een biografie van den C.G. den burggraaf du Bus de Ghisignies.
Zie: G. de Serière, Mijne loopbaan in Indië. (Zwolle 1849); du Bus, Staat v.d. landbouw op Java onder het bestuur van du B. de G. als C.G.