Lysbeth, Hillegont en Marietje. Men heeft wel eens het vermoeden gehad, dat hij in 1595 in Italië was. Bij Obreen vindt men een afbeelding van hem onder de Bentvogels, maar wij weten niet zeker of het zijn portret is; wel had hij schilderijen in Italië gedaan en italaansche boeken in zijn bezit. Zijn graveerwerk munt uit door kracht; hij was een virtuoos in de graveerkunst, zooals o.a. blijkt uit het portret van hertog Albrecht van Oostenrijk naar Rubens; het heeft een typischen achtergrond: donkere horizontale schaduwlijnen, afgewisseld door strepen licht; dikwijls echter is zijn manier van doen gemani reerd. Hij vertegenwoordigt de school van Goltzius in de 17de eeuw en behoorde met anderen tot die graveurs van G.' school, die bladen naar Rubens maakten. Enkele van zijn prenten werden door zijn vader uitgegeven, o.a. Cleopatra, rust op vlucht n. Egypte, bijbelsche en myth. voorstellingen o.a. schilderkunst en beeldhouwkunst naar den Olympus geband. Dat Jan Muller ook goed teekende, blijkt uit de boedelbeschrijving, waar wordt gezegd: ‘heel schoone stucken mette pen gedaen’. In Amsterdam woonde Jan Muller ‘in den Gulden Passer’, waar ook zijn grootvader, oudoom en vader gewoond hadden.
Teekeningen van zijn hand bevinden zich te Haarlem, Mus. Teyler: naakte man; Weenen, Albertina: heilige familie (2 stuks).
Prenten van zijn hand zijn: naar eigen ontwerp: Belsasar's feest, aanbidding der koningen, Johannes Christus doopend, Maria Magdalena weenend, man van smarten door engelen ondersteund, vlucht n. Egypte, Maria (half-figuur) en Christus, Lucretia's zelfmoord, Cleopatra's dood, Mercurius de nimf Lara omhelzend, Venus en Amor, Harpocrates, Chilon, H.L. Spieghel, Nic. Grudius, Adr. Marcus, J.H. Secundus, Joost Buyck, Ever. Reidanus, Jan Fontanus, Barth. Spranger, Jan Sweelinck; naar J. van Aken: martelaarschap van S. Sebastiaan; naar H. Aldegrever: Jan Beukelsz. van Leiden, Knipperdolling; naar Th. Barendsz.: Maria in landschap te midden van S. Joseph, Elisabeth, Joh. d. Dooper; naar Abr. Bloemaert: opwekking van Lazarus; naar G. Coignet: Christus' avondmaal; naar C. Corn. van Haarlem: Cain Abel doodend, Ulysses en Irus, de drie Parcen, Arion lierspelend, de fortuin, Th. Coornhert; naar Goltzius: de schepping der wereld; naar L. van Leyden: de passie van Christus; naar P. Isaacs: portret van Christiaan IV; naar Jac. Ligozzi: een engel bij den dooden Christus; naar M. Mierevelt: Prins Maurits van Oranje, Ambr. Spinola, Jean Neyen; naar Remigius Rit: Christiaan IV v. Denemarken; naar P.P. Rubens: Albert van Oostenrijk, Isab. Clara Eugenia; naar Spranger: Loth, aanbidding der herders, Maria met kind op schoot, Mercurius, Spranger en Minerva, Venus en Mercurius, Minerva en Perseus, Amor en Psyche, Faun en satyr, Minerva, Hercules en Mars, Nymph en Venus, Bacchus en Ceres Venus verlatend, Bellona, Schilderkunst en Beeldhouwkunst enz. naar den Olympus vluchtend; naar A. de Vries: Sabijnsche Maagdenroof in verschillende standen, Cleopatra's dood, Apollo gaande om den Python te dooden, Mercurius ontvoert Psyche, de voorzichtigheid, fontein te Augsburg, bronfiguren, Hercules doodt de Hydra. Hij maakte het portret van H.L. Spieghel voor diens Hertspiegel 1615.
Zie: E.W. Moes, Aanteek. 's Rijks Prentenkabinet te Amsterdam, afd. prenten; v.d. Kellen, Aanteek. 's Rijks Prentenkabinet te Amsterdam; A. Bredius, Het testament v.d. graveur Joh. Muller in Oud-Holland (1909), 131; N.