Sepp zeide, dat deze ‘wel in staat is, ons over Gomarus gunstiger te doen denken dan gewoonlijk geschiedt’. Bertius' werk daarover beantwoordde Gomarus wederom met Proeve van mr. P. Bertii aenspraeck (twee drukken te Leiden in 1610); welke ‘proeve’ wederom Bertius' tegenschrift uitlokte. Anderen, o.a. R. Donteclock, mengden zich in het twistgeschrijf. Tegen den wil van de Staten in, verschenen te midden daarvan Waerschouwinghe over de Vermaninghe aen R. Donteclock, geschreven door Gomarus, en eenige andere werken van zijn hand, die soms meermalen herdrukt zijn.
Over den opvolger van Arminius, Conradus Vorstius, werd Gomarus weer door de curatoren van de hoogeschool geraadpleegd. Hij noemde bij deze gelegenheid Arminius ‘een sant te rekenen bij dezen doctor ignorantiae’, en tegenover Wtenbogaert verklaarde hij als zijn gevoelen: dat kerkelijke personen hun ambten en bedieningen van God hadden, zoodat zij vóór alles schuldig waren Gode te gehoorzamen, en niet, zooals Wtenbogaert e.a. meenden, althans niet in kerkelijke zaken, der overheid des lands. Vóór de benoeming van Vorstius als hoogleeraar te Leiden nam Gomarus zijn ontslag (afscheid 21 April 1611) en verhuisde naar Middelburg, waar een ‘collegium theologicum’ werd opgericht tot handhaving en uitbreiding van de contra-remonstrantsche gevoelens. De inaugureele rede hield hij aldaar op 28 Mei 1611. Te Middelburg ontmoette Gomarus o.a. Antonius Walaeus. Van 1615 tot 1618 was Gomarus nog hoogleeraar te Saumur, waar hij oneenigheid heeft gehad met Duplessis de Mornay.
Intusschen was (in 1614) te Groningen een hoogeschool opgericht, waar men al aanstonds Gomarus aan wilde verbinden. We weten niet, wat er tusschen kwam, maar eerst in 1618 aanvaardde hij het ambt van hoogleeraar aldaar.
Een nieuw tijdperk kwam in zijn leven, toen hij werd afgevaardigd naar de Synode te Dordrecht. Wij kunnen niet in bijzonderheden treden om zijne beteekenis aldaar te teekenen. De beschouwingen over hem loopen zeer uiteen, veelal naar het standpunt van den geschiedschrijver. Soms treedt hij zeer fel op; maar, zoo wordt hij verdedigd, ‘de harde woorden raakten ook vitale belangen’. Straks wordt hij genoemd: ‘kalm en zachtmoedig, ja schier toegevend’. Een onpartijdig geschiedschrijver teekene na nauwkeurig onderzoek zijne plaats en zijn aandeel in belangrijke aangelegenheden en besluiten. Hoewel supralapsariër, onderteekende hij zonder protest de later vastgestelde leerregels tegen de Remonstranten, waarin het gevoelen van de infralapsariërs was gehuldigd, maar de tegenpartij (de supralapsariër) niet werd veroordeeld of uitgesloten. Gomarus was revisor bij de vertaling van het Oude Testament.
Zijn verder leven verliep rustig. Alleen schreef hij in 1628 tegen Jacobus Burs te Middelburg over de ‘sabbatsrust’: Investigatio sententiae et originis sabbalhi, waarin hij de stelling verdedigde, dat de oorsprong van den sabbat is te vinden niet bij de Schepping, maar in de woestijn Sin. Bovendien beweerde hij, dat de Christenen den sabbat hielden niet krachtens het vierde gebod, maar volgens vrije en wijze keuze van de Kerk. Alleen kort voor zijn dood ontstonden moeilijkheden, toen hij beproefde zijne supralapsarische gevoelens nog eens opzettelijk te verdedigen.
Gomarus trouwde eerst te Frankfurt met Anna Emerentia Musenhole, die daar is overleden. Hier verbond hij zich ook aan zijn tweede vrouw Maria l'Hermite, dochter van Simon l'Hermite, schepen te Antwerpen,