15en Nov. d.a.v. een capitulatie-verdrag met den portug. onderkoning tot stand bracht, en een tijdelijken wapenstilstand voor geheel Indië tusschen beide naties sloot. 9 Dec. vertrok hij daarop naar Ceylon en slaagde er 4 Jan. 1645 in, met de Portugeezen aldaar een voor de Comp. gunstige ‘limiet-scheydinge’ tot stand te brengen. 11 April 1645 was hij na deze succesvolle zendingen weer te Batavia terug en bij resolutie van 19 Januari 1646 werd hij nu benoemd tot gouverneur van Ceylon, waar hij tot 1650 werkzaam bleef. Den 26en April van dat jaar volgde toen zijn benoeming tot eersten raad van Indië en directeur-generaal van den handel. Bij het overlijden van den G.-G. Karel Reyniers op 18 Mei 1653 koos de Raad van Indië nog dienzelfden dag Maetsuyker met algemeene stemmen tot diens opvolger, welke keuze eerst 8 Oct. 1654 door Heeren-XVII werd bevestigd. Deze hadden eenigen tijd geaarzeld, daar Maetsuyker van huis uit roomsch-katholiek was. (Vóór zijn uitzending in 1636 had hij moeten beloven, den kerkdienst in Indië te zullen bijwonen; aan het avondmaal heeft hij echter nooit deelgenomen.)
Op enkele maanden na is Maetsuyker 25 jaar lang werkzaam geweest als gouverneur-generaal, een record, dat vermoedelijk wel nooit geslagen zal worden. Door zijn groote kennis en krachtige persoonlijkheid wist hij niet alleen den Raad van Indië steeds voor zijn plannen en inzichten te winnen, maar hij slaagde er ook in, zich onmisbaar te maken voor de Heeren Bewindhebbers in Nederland, die hem dan ook, op zijn herhaalde verzoeken om ontslag, telkens dringend verzochten, nog wat te willen aanblijven. Vooral zijn voorzichtige politiek ten opzichte van de inlandsche vorsten vond bij Heeren-XVII warme instemming.
Maetsuykers bewind valt samen met den glanstijd van 's Compagnies macht en bloei. Tot de voornaamste gebeurtenissen uit zijn bestuursperiode moeten worden gerekend: de uitbreiding van het gebied der Comp. ten koste van de Portugeezen in Voor-Indië en Ceylon (zie art. Rijcklof van Goens), de onderwerping van Makassar (zie art. Corn. Speelman), de bezetting van de Westkust van Sumatra (1664-70) en de eerste militaire expedities naar het hart van Midden-Java, in den strijd tusschen Taroena-Djaja en den Soesoehoenan van Mataram (zie art. Speelman).
Als een bewijs van den handelsbloei tijdens Maetsuykers bewind kan dienen, dat in 1670 één enkele retourvloot een lading van 15 millioen gulden naar Nederland overbracht, welke de Bewindhebbers in staat stelden, dat jaar aan de aandeelhouders 60 procent dividend uit te keeren.
Maetsuyker is tweemaal gehuwd geweest: 1e. den 16den Dec. 1634 te Amsterdam met Haasje Berkmans, geboren aldaar in 1610, overl. te te Batavia op 3 Juni 1663; 2e. den 20en Aug. 1664 te Batavia met Elisabeth Abbema, geboren 8 Nov. 1638, weduwe van den raad-extraordinair en gouverneur van Ambon, Jacob Cos, overleden te Batavia 19 Nov. 1674. Beide huwelijken waren kinderloos.
Een broederszoon van den gouverneur-generaal, Willem Maetsuyker, heeft de Comp. ook geruimen tijd gediend. Hij was o.a. werkzaam als koopman op Makassar, werd in 1663 dispensier, later tweede opperkoopman van het kasteel te Batavia, in 1665 president-commissaris van huwelijksche zaken aldaar en vertrok in 1672 als gouverneur naar Banda, waar hij 14 Januari 1675 overleed.
Mogelijk behoorden tot dezelfde familie Frans Maetsuyker, in 1641 als schipper op Ceylon