Tijdens den watersnood van Febr. en Mrt. 1876, toen het water in de huizen drong, zoodat zelfs de faecaliën door de woonkamers dreven, heeft hij zich zeer verdienstelijk gemaakt. Met ingang van 1 Juni 1876 werd hij verplaatst naar den Briel. Hij diende hier gedurende den tijd, dat de Rotterdamsche Waterweg in treurigen toestand verkeerde, zoodat zeer veel schepen door het tot zijn dienstkring behoorende kanaal door Voorne voeren. Hij beproefde eens, een vaartuig, dat langer was dan de schutlengte van een der sluizen, te schutten, terwijl het water in het kanaal en de rivier (waar het steeds op en neder gaat) even hoog stond, en dit gelukte. Langzamerhand werd dit bekend en van 1877 tot 1881 zijn er op deze wijze tal van lange schepen geschut. Dit vereischte de grootste oplettendheid, maar het is steeds goed gegaan. Kort nadat hij met ingang van 1 Oct. 1881 naar Dordrecht verplaatst was om dienst te doen bij het rivierbeheer, was deze manoeuvre niet meer noodig, omdat sedert de Rotterdamsche Waterweg meer diepte aanbood dan het Voornsch Kanaal. Met ingang van 1 Jan. 1887 werd de Bruyn verplaatst naar Amsterdam als ingenieur voor het Noordzeekanaal. Daar de sluizen te IJmuiden geen voldoende lengte aan sommige voor Amsterdam bestemde schepen aanboden, werd de handelwijze, boven voor het Voornsch Kanaal beschreven, ook somtijds bij de sluizen te IJmuiden gevolgd. Ook hier heeft nimmer een ongeval plaats gehad. Te Amsterdam maakte de Bruyn het ontwerp voor eene nieuwe grootere schutsluis, dat evenwel bij de uitvoering niet gevolgd is. In de drie jaren van dezen dienst had hij veel bemoeiing met de bestuurders der Hollandsche ijzeren spoorwegmaatschappij en dit was oorzaak, dat hij aangezocht werd, als ingenieur in haren dienst te treden.
Na bij besluit van 3 Jan. 1890 met ingang van 1 Febr. d.a.v. eervol ontslag als ingenieur van den waterstaat bekomen te hebben, trad hij op laatstgenoemden dag in dienst der maatschappij. Hem werd de dienst van weg en werken, die tot dien tijd vereenigd was met dien van het vervoer, opgedragen. De nieuwe inrichting hiervan was voor de Bruyn, die tot dien tijd nimmer met spoorwegen te doen gehad had, eene zeer moeilijke taak, waarvan hij zich echter op uitnemende wijze heeft gekweten. Door zijne groote werkzaamheid, maar vooral ook door zijn tact en humaniteit, waardoor zijne onderhoorigen hem als hun vriend beschouwden, heeft hij alle moeilijkheden overwonnen. In 1890 werd aan de maatschappij het maken van een ontwerp tot vernieuwing van het westelijk viaduct te Amsterdam opgedragen. Dit ontwerp, door hem opgemaakt, is na zijn overlijden, hoewel gewijzigd, uitgevoerd. Ingevolge de spoorweg-overeenkomsten van minister Havelaar werden verschillende spoorwegen opgenomen bij die, welke de maatschappij exploiteerde, terwijl er ook nieuwe sneltreindiensten (Hoek van Holland-Kleef en Amsterdam - Almelo - Salzbergen) moesten ingelegd worden, eenige secondaire lijnen hoofdlijnen moesten worden en eene verbindingsbaan om Rotterdam moest worden aangelegd. Een en ander vorderde van de Bruyn veel inspanning. Ten gevolge van de verruiming van het Noordzeekanaal, waartoe van Rijkswege besloten was, moesten ook de spoorwegbruggen over dat kanaal bij Velzen en aan de Hem verruimd worden, en hiervoor werden door de Bruyn de ontwerpen gemaakt. Toen de Hollandsche spoorwegmaatschappij door aankoop eigenares was geworden van de