maar die door een scherp meeningsverschil in zeer vijandige houding tegenover hem kwam te staan; te meer nadat Burgess naar Engeland teruggekeerd, zijn heele verleden verloochende om eene rijk gesalarieerde plaats in de staatskerk te bemachtigen. Amesius was van 1611-18 te 's Gravenhage werkzaam. Hij kon het niet verdragen, dat mannen als Perskin door de Remonstranten werden aangevallen. Reeds spoedig in dispuut geraakt met Nicolaas Grevinchoven (II, 509), werd het tweegevecht voortgezet in geschriften. Amesius schreef: De Arminii sententia (1613); dan, na een tegenschrift: Rescriptio Scolastica brevis (1617); en kort vóór de opening van de Dordtsche synode: Coronis ad Collationem Hagiensem. Gelukkig voor hem, die het Nederlandsch niet verstond, dat een voorname bron voor dit werk: De Schriftelicke conferentie gehouden in 's Gravenhage door H. Brandius in het Latijn was vertaald. Hoewel door de zee van zijn vaderland gescheiden, zette hij den strijd met de engelsche prelaten voort. Een gevolg daarvan was zijne afzetting als legerpredikant.
Amesius verscheen op de Dordtsche synode met eene aanstelling van de Staten-Generaal om den voorzitter met raad en voorlichting te dienen, dus in een belangrijke rol. Na vele moeilijkheden, die hem ook van Engeland uit in den weg werden gelegd, volgde eene benoeming tot opvolger van Festus Hommius als leidsman van de bursalen te Leiden. In dezen tijd werd de grondslag gelegd voor zijn later verschenen Medulla Theologica. Maar weldra werd hij benoemd tot hoogleeraar te Franeker. Na veel tegenwerking, vooral door den engelschen gezant te 's Gravenhage Carleton, kon hij eindelijk op 7 Mei 1622 zijn inaugureele rede houden. Vier dagen later werd hij door Sibrandus Lubbertus tot doctor in de godgeleerdheid bevorderd. Het zou ons te ver voeren, wanneer wij ook maar wilden trachten de beteekenis van zijn arbeid te Franeker te schetsen. Aan hem en aan Sixtinus Amama is het te danken dat de kennis van de grondtalen van den Bijbel voor aanstaande predikanten verplichtend werd gesteld (zie I, 106). Zijn leven te Franekeris verbitterd door de bekende twisten met Maccovius.
In 1632 beroepen door de engelsche gemeente te Rotterdam, vond hij een nieuwen werkkring, te gelijk verbonden aan de latijnsche school aldaar. Na korten tijd trok zijn verlangen naar zijn vroegere geestverwanten uit het vaderland, nu overgestoken naar New-England. Maar de nieuwe wereld heeft hij niet mogen zien. Hij stierf vrij onverwachts. Zijne Lectiones op de Psalmen, in handschrift gereed, werden na zijn dood door Hugh Peters uitgegeven; ze werden opgedragen aan de rotterdamsche vroedschap, die daarvoor aan de weduwe 200 gulden heeft geschonken. Deze vertrok nu naar Amerika in 1637 en schonk den kolonisten aldaar zijn bibliotheek. Daarom te meer werd zij met open armen ontvangen om ‘dr. Ames of famous memory’.
Door zijne meening, dat de mensch in de wedergeboorte niet geheel passief is, dreigde naar veler oordeel het gevaar, dat de beschouwing, die de Dordtsche synode had veroordeeld, weer zou worden binnen geloodst. De strijd met Maccovius liep over de vraag, of Christus als Middelaar mocht worden aangebeden, en breidde zich uit tot de andere hoogescholen. Het einde was een conciliatie. Nog op het laatst van zijn leven schreef hij Fresh Suit against Humane Ceremonies in Gods worship. Tegen Rome gaf hij in het licht: Bellarminus enervatus, een handboek, dat niet onbeantwoord bleef en ook een verdediger vond.