de Drôme. 20 Juni 1793 werd hij brigade-generaal. In dien rang verkreeg hij in Mei 1796 het bevel over een der brigades (hoofdkwartier Zutfen) van de divisie Souham, deel uitmakende van het Fransche hulpkorps hier te lande. In 1798 en 1799 voerde hij het bevel over de genoemde divisie (hoofdkwartier Utrecht), waarvan de onderdeelen in laatstgenoemd jaar gelegerd waren in Nijmegen, Grave, Utrecht, Woerden en 's Hertogenbosch. Toen bij de Engelsch-Russische expeditie tegen de Bataafsche republiek de landing der 1e Engelsche afdeeling tusschen Huisduinen en Callantsoog den 27en Augustus 1799 was gelukt, en generaal Daendels met zijne divisie in de Zijpe had stelling genomen, ontving Gouvion 28 Aug. van den opperbevelhebber, generaal Brune, bevel, het commando te gaan op zich nemen van de eerste Fransche troepen, die op Haarlem waren gedirigeerd, om Daendels tot ruggesteun te dienen en de voorboede uit te maken van de Fransche divisie te velde, die uit de verschillende garnizoenen zou worden bijeengetrokken. In den morgen van den 29en te Haarlem aangekomen, en aldaar kennis bekomende van Daendels' voornemen, om uit de Zijpe terug te trekken naar eene stelling ten noorden van het IJ tot dekking van Amsterdam, zond hij onmiddellijk den chef de brigade (kolonel) Anbrée naar hem toe, om te trachten hem van dit voornemen terug te brengen. Vermoedelijk heeft die raadgeving Daendels niet tijdig genoeg bereikt; zoo wél, dan heeft hij haar niet willen opvolgen. Zoodra Gouvion evenwel bericht ontvangen had, dat de voorgenomen terugtocht niet verder was voortgezet dan tot de lijn Alkmaar-Avenhorn, trof hij de noodige maatregelen, om met de te zijner beschikking staande troepen Alkmaar en het terrein ten westen daarvan te bezetten.
1 September was hijzelf in Alkmaar. Nadat in den volgenden nacht generaal Brune mede aldaar was aangekomen en het commando over het Fransch-Bataafsche leger te velde had aanvaard, werd dit in ééne Fransche en twee Bataafsche divisiën ingedeeld, en aan Gouvion (5 Sept.) het bevel over de Fransche divisie opgedragen. Het was slechts voor één dag; want den volgenden dag kwam ten gevolge van Brune's herhaald verzoek aan den Franschen minister van oorlog, om meer Fransche generaals te zenden, gen. Vandamme in het leger aan, en aangezien deze den rang van divisie-generaal had (de rangen van lieutenant-général en maréchal de camp waren in den revolutietijd afgeschaft en vervangen door die van général de division en général de brigade) moest Gouvion hem het bevel over de divisie overgeven en als brigade-generaal onder hem blijven dienen. Hij deed er niet minder zijn plicht om, ofschoon Vandamme 22 jaar jonger in leeftijd was.
Bij de poging der Fransch-Bataven om den Zijperdijk te vermeesteren (10 Sept.) leidde hij den aanval op den uitersten linker vleugel bij Petten, doch het mocht hem niet gelukken (evenmin als op alle andere punten) de sterke stelling binnen te dringen. In den slag bij Bergen (19 Sept.), waarin de aanval van het Engelsch-Russische leger werd afgeslagen, onderscheidde hij zich zoodanig, dat hij door Brune op het slagveld tot divisie-generaal bevorderd werd.
Na den slag bij Alkmaar (2 Oct.), waarin hij het terrein, oostwaarts van Bergen verdedigd had, en den daarop gevolgden terugtocht van het Fransch-Bataafsche leger op Beverwijk werd de Fransche divisie, die achtereenvolgens met zes bataljons versterkt was, in twee divisiën gesplitst, aan eene