(Utrecht 1850). Ook op het gebied van het catechetisch onderwijs was hij zeer werkzaam; van zijn hand verschenen verschillende handleidingen daarvoor.
Te Utrecht heeft Nieuwenhuis ook een krachtige werkzaamheid ontwikkeld op het gebied der Luthersche kerkgeschiedenis. In 1839 begon hij met Schultz Jacobi de uitgave van de Bijdragen tot de geschiedenis der Evangelisch Luthersche Kerk in de Nederlanden (Amst. 1839-45, 7 dln.). Hij zelf beschreef daarin de geschiedenis der Luthersche gemeenten te Utrecht, Amersfoort, Leiden, Monnikendam, Edam, Purmerend, Middelburg, Vlissingen, Veere, Alkmaar en Goes. Bovendien onderzocht hij daarin de geschiedenis der Bijbelvertaling, bij de Nederlandsche Lutherschen in gebruik, en gaf hij een Geschiedkundig overzigt der predikwijzen in de Nederlandsche Luthersche Kerk (ook afzonderlijk verschenen). Ook buiten de Bijdragen heeft Nieuwenhuis veel over de Luthersche kerkgeschiedenis gepubliceerd, o.a. in de Godgeleerde Bijdragen en afzonderlijk het Geschiedkundig overzigt der vroegere zorg van de Nederlandsche Luthersche Kerk voor de opleiding tot het herder- en leeraarsambt (Amst. 1852), de Geschiedenis der Evangelisch Luthersche gemeente te 's Gravenhage ('s Grav. 1855) en de Geschiedenis der Amsterdamsche Luthersche gemeente (Amst. 1856). Ook op het gebied der algemeene kerkgeschiedenis bewoog hij zich; zoo gaf hij verschillende bijdragen in de Geschiedenis der Christelijke Kerk in tafereelen en in de Geschiedenis der Christelijke Kerk in Nederland waarin hij Johannes Brugman en Het kerkgenootschap der Lutherschen beschreef. Nieuwenhuis' wetenschappelijke beteekenis vond eerlang erkenning door zijn benoeming tot buitengewoon hoogleeraar aan het Luthersche seminarie, die 5 Mei 1842 geschiedde. Mede om stoffelijke bezwaren meende hij te moeten bedanken. In Mei 1845 werd hij
opnieuw tot buitengewoon en, na den spoedig gevolgden dood van den hoogleeraar Sartorius, tot gewoon hoogleeraar aan het genoemde seminarie benoemd. 31 Aug. 1845 nam hij afscheid van zijn Utrechtsche gemeente. 25 Sept. d.a.v. aanvaardde hij zijn hoogleeraarsambt met een rede Over de veranderingen in de Luthersche kerk in ons vaderland (Amst. 1845). Drie dagen daarna aanvaardde hij het predikambt bij de Amsterdamsche Luthersche gemeente, dat hij tegelijk met dat van hoogleeraar waarnam. Zijn taak werd het volgende jaar nog verzwaard, daar zijn ambtgenoot Plüschke stierf en eerst in 1847 door Millies werd vervangen. Hij had toen geschiedenis der boeken van het Nieuwe Testament, exegese, encyclopedie, naturaal, dogmatiek, moraal, liturgie en homiletiek te onderwijzen. Van zijn geschriften uit zijn professoralen tijd moeten worden genoemd dat over het avondmaal en zijn Schets der Christelijke zedeleer (Utrecht 1849; 2 dr.: Schets der Christelijke zedeleer en hare geschiedenis, 1859), ten slotte behalve verschillende redevoeringen de Schets der geloofsleer volgens de symbolische boeken der Luthersche, met vergelijking van de leer der Hervormde kerk (Amst. 1869). Bovendien heeft Nieuwenhuis meer dan eens biographieën uitgegeven; afzonderlijk verschenen Herinnering aan Mr. S.C. Klinkhamer (1834), Abraham des Amorie van der Hoeven, beschouwd als een voorbeeld der kanselwelsprekendheid (1856), gevolgd door Leven en karakter van Abraham des Amorie van der Hoeven, dat veel is gelezen, ten slotte B.T. Lublink Weddik als prediker beschouwd (1864). Nieuwenhuis behoorde tot de behoudend-evangelische richting; en als kanselredenaar en als kerkhistoricus had hij groote beteekenis