sloten (1 Jan. 1832). Door het voorwenden van krankzinnigheid slaagde hij erin, het toezicht minder scherp te maken; hij werd door drie geneesheeren voor ‘total wahnsinnig’ en zijn verstand voor ‘hoffnungslos verloren’ verklaard. Eindelijk gelukte het hem, uit Ehrenbreitstein te ontsnappen (13 Sept. 1833); hij nam dienst bij het vreemdelingenlegioen in Algiers, maar kwam na een halfjaar wegens gezondheidsredenen naar Parijs, waar hij met de botanici de Jussieu, Brogniart en Persoon in aanraking kwam. Hier vernam hij zijn begenadiging door den Koning van Pruisen, en werd hij door Persoon overgchaald, als officier van gezondheid bij het Nederlandsch-Indisch leger dienst te nemen. Zijn benoeming als zoodanig ontving hij 12 Jan. 1835; op 13 Oct. 1835 kwam hij in Batavia.
Door een gelukkig toeval werd Junghuhn in Indië terstond adjudant van den ruimdenkenden dr. E.A. Fritze, chef van den geneeskundigen dienst, met wien hij talrijke inspectiereizen deed, op welke reizen Fritze zelf de geologie van Java bestudeerde en Junghuhn de plantengroei. Vooral werden hierbij de belangrijkste vulkanen bezocht in Oost-Java van Semarang tot Besoeki en in de Preangerregentschappen. En na Fritze's overlijden (Mei 1839) maakte Junghuhn uitstapjes naar Wijnkoopsbaai, Gedeh, Pangerango, Bandoeng met den Malabar, hierbij gesteund door de Gouverneurs-Generaal Merkus, Rochussen en Pahud. In dezen tijd moet een voorloopige toevoeging van Junghuhn aan de Natuurkundige Commissie plaats gehad hebben, maar deze opdracht was van korten duur. Het tijdvak Oct. 1840-Maart 1842 bracht Junghuhn op Sumatra door, voornamelijk in de Batak-landen. In Mei 1845 werd hij benoemd tot lid der Natuurkundige Commissie, onder toekenning van ervol ontslag als officier van gezondheid. Hoewel erkentelijk voor de grootere vrijheid van beweging, die hij zoodoende kreeg, stoorde hij zich volstrekt niet aan het oppergezag, dat Blume en Temminck over de Commissie meenden te hebben. Door het voortdurende reizen (van de 13 jaar zijner eerste Indische periode, bracht hij er 10 door op zijn reizen) vermoeid, nam Junghuhn in Aug. 1848 verlof, eerst voor drie jaar, later verlengd tot zeven jaar. In Europa huwde hij 23 Jan. 1850 met Johanna Louisa Frederica Koch (geb. 25 Jan. 1827 te Bergen-op-Zoom, overl. 7 Mei 1914 te 's Gravenhage). Op 31 Aug. 1853 werd hij genaturaliseerd. Tijdens zijn verlof bezocht hij vrijwel alle Europeesche bergstreken (Alpen, Pyreneeën, Kaukasus). In het jaar 1850 werd tot ontbinding van de Natuurkundige Commissie besloten, maar tevens bepaald,
dat Junghuhn op dezelfde wijze kon werkzaam blijven. Zoo bestond voor hem het vooruitzicht, na afloop van zijn verlof naar Indië terug te keeren, en zich opnieuw aan de bestudeering van Java's flora en geologie te wijden. Maar het zou anders loopen.
Met de ‘Minister Pahud’ verliet hij 18 Juli 1855 zijn tweede vaderland, en werd spoedig na zijn aankomst (1856) benoemd tot inspecteur der kina-cultures, als opvolger van Hasskarl (zie III kol. 550), zoodat zijn zuiver-wetenschappelijk werk door dezen voor hem geheel nieuwen werkkring op den achtergrond raakte. Wel reisde hij nog veel, en bracht hij nog belangrijke collecties planten bijeen, maar zijn tijd van productie is voorbij. Langzamerhand werden zijn lichaamskrachten gesloopt, hij hoopt in Europa te herstellen, vraagt en verkrijgt verlof, maar voor zijn vertrek uit Lembang overvalt hem een hevige leverziekte, die 24 April 1864 noodlottig werd.