Diplomata quaedam Hollandica et Zelandica par tim inedita, partim emendata, animadversionibus illustrata (L.B. 1816). In datzelfde jaar werd hem naast zijn archiefbetrekking het ambt van opzichter van het koninklijk kabinet van penningen en gesneden steenen opgedragen. Deze collectie werd door hem geordend en beschreven in een Notice sur le Cabinet des médailles et des pierres gravées de S.M. le Roi des Pays- Bas (La Haye 1823), een jaar later gevolgd door een Premier supplément (La Haye 1824). Van de gesneden steenen liet hij afgietsels vervaardigen, waarvan hij uitgaf een Catalogue d'empreintes du Cabinet des pierres gravées de S.M. le Roi des Pays- Bas (La Haye 1826). Ook overigens heeft de Jonge zich verdienstelijk gemaakt voor de munt- en penningkunde. Een belangrijk aandeel heeft hij genomen aan de Beschrijving van Nederlandsche Historiepenningen, ten vervolge op het werk van mr. Gerard van Loon. uitgegeven door de Tweede Klasse van het Kon. Ned. Instituut.... (Amst. 1821-48, 5 dln. fol.). Met Jeronimo de Vries gaf hij uit een Verklaring van Nederlandsche gedenkpenningen (Amst. 1829-37, 2 dln. 4o.)
Van niet minder belang was de Jonge's werkzaamheid aan het Rijksarchief, waar hij in 1831 van Wijn als archivaris des Rijks was opgevolgd; dit ambt heeft hij tot zijn dood bekleed. Natuurlijk heeft hij ook aan de inventarisatie van het archief gewerkt; maar toch beschouwde hij dat niet als zijn voornaamsten ambtsplicht. Tweeërlei had hij naar zijn overtuiging ten Rijksarchieve te doen, vooreerst ‘de opzettelijke behandeling van een of ander punt onzer geschiedenis’, ten andere ‘de uitgave van tot hiertoe onbekende staatsstukken’. Dat heeft hij dan ook in ruime mate gedaan, zoowel in allerlei tijdschriftartikelen als in afzonderlijke publicatiën, waarvan te noemen zijn: Verhandeling over den oorsprong der Hoeksche en Kabeljauwsche twisten (Leiden 1817); Verhandeling over den oorsprong, den voortgang en de hoedanigheid van den invloed des derden stands in de staatsvergaderingen, gedurende het hertogelijk en grafelijk bewind in Brabant, Vlaanderen, Holland en Zeeland (in Nieuwe werken van de Maatsch. der Ned. Lett. I:1); Onderzoek over den oorsprong der Nederlandsche vlag ('s Grav. en Amst. 1831); Levensbeschrijving van Johan en Cornelis Evertsen, luitenantadmiralen van Zeeland ('s Grav. 1820); De Unie van Brussel des jaars 1577 ('s Grav. 1825), met Bijvoegselen tot dezelve en facsimile (Delft 1827; ook in Fr. vert. Rott. 1829); Besluiten van de Staten Generaal der Nederlanden, 1576, 1577 ('s Grav. 1828-31, 2 dln. 4o), eindelijk zijn laatste boek Nederland en Venetië ('s Grav. 1852). Een aantal verhandelingen en onuitgegeven stukken verzamelde de Jonge in den bundel Verhandelingen en onuitgegeven stukken betreffende de
geschiedenis der Nederlanden (Delft 1825, 's Grav. 1827, 2 dln.), waarin stukken uit de veertiende eeuw, de eerste jaren van den opstand en den tijd van de Witt werden gegeven. Zijn hoofdwerk blijft evenwel de beroemde Geschiedenis van het Nederlandsche Zeewezen ('s Grav. 1833-48, 6 dln.; 2e dr., bewerkt door zijn zoon J.K.J. de Jonge; Haarl. 1858-62, 5 dln.). Daaraan heeft de Jonge vijftien jaren lang gearbeid. Het is het standaardwerk over deze materie gebleven, te meer, daar een groot deel der archivalia, waaruit het is geput, in 1844 bij den brand van het ministerie van marine zijn te gronde gegaan. Wellicht ware het beter geweest, zoo de Jonge, evenals later zijn zoon deed met onze koloniale geschiedenis, de documenten van onze roemrijke zeegeschiedenis met inleiding had uitgegeven; maar niettemin blijft de Geschiedenis
Auteursrecht onbekend