hier dicteerde hij ook zijn Schediasma theologiae practicae, dat lang na zijn dood, 1729, werd uitgegeven door H.C. van Bijler als Theologia practica, voorafgegaan door eene Vita Witsii. In 1731 verscheen er te Delft eene nederlandsche vertaling van onder den titel Practicale godgeleerdheid. Het geeft echter niet, wat wij tegenwoordig onder practische theologie verstaan, veeleer de toen nog verdachte (t.w. van arminianisme) ethiek, de leer van de plichten eens christens jegens God, Christus, zichzelven en den naasten. Als zeker gewenschte afwisseling in zijn studeerkamerleven, ging hij in 1685 mede met het gezantschap onder van Weede van Dijkveld, dat Jacobus II bij zijn troonsbestijging namens de Republiek begroeten moest. Of Witsius daarbij inderdaad eene rol heeft gespeeld door het versterken der protestantsche partij, eischt nog nader onderzoek.
Middelerwijl begon zijn dubbel ambt te Utrecht hem, bij het ouder worden, te drukken. Toen dus de leidsche curatoren hem in 1698 een stoel
aanboden, aanvaardde hij dat gaarn en inaugureerde 16 October van dat jaar, sprekende over den Theologus modestus delineatus
t.w. ‘quo modo modestus theologus discat, doceat, vivat.’ Hij was toen 62 jaar en genoot, behalve ƒ 1200 bezoldiging, ƒ 500 als persoonlijke toelage en ƒ 300 voor huishuur. Het volgend jaar werd hij ook regent van het Staten-college. Hier te Leiden verscheen, 1700, het tweede deel zijner Miscellanea sacra (deel I is van 1692), 1703 de Meletemata leidensia, 1704 zijne Disquisitio theologica de Paulo Tarsensi, cive romano. In 1707 emeritus geworden, overleed Witsius 22 October des volgenden jaars. Hij bezat, om met Ypey (Chr. i.d. 18e eeuw VIII 31) te spreken ‘een engelachtig verstand, een fijngepolijst oordeel, vasthoudend geheugen’, terwijl zijne zoetvloeiende welsprekendheid zijne bewonderaars van Lactantius spreken deed. Stellig was hij een geleerd theoloog, schoon zijne werken verouderd zijn. Maar zijne beteekenis ligt toch elders. Hij vertegenwoordigt de toenmaals zeker niet talrijke groep van hen, die tot geene partij wilden behooren. Althans was hij geen partijman, noch coccejaan, noch voetiaan; verdraagzaam en irenisch, met ‘iets erasmiaansch’ zegt Glasius (Godg. Ned. III, 614), rekkelijk in den bekenden zin. ‘Nobis’, zegt hij in een verhandeling over het gebruik der rede bij de geheimenissen des geloofs, ‘uti in plerisque omnibus ita et hic media via tutissima esse videtur.’ Vandaar ook zijne instemming met de (vooral onder
de remonstranten geliefde, toch ook door anderen aanvaarde) stelling: In necessariis unitas, in non necessariis libertas, in omnibus charitas.’ Maar geen partijman wezen, dat was tegelijk ietwat in de schaduw blijven, geen hoofdrol spelen, en die waarheid heeft zich ook aan Witsius vervuld. Vandaar eveneens het klein getal zijner eigenlijke leerlingen, maar onder hen Campegius Vitringa. Gaarne vatten wij ons oordeel samen in de juiste woorden van te Water (Narr. 22): ‘Ille igitur, aetate provectior, docebat aequales, qua tandem ratione fieret finis contentionum acerbiorum, quibus scholae theologorum batavae, eo adhuc tempore, in partes scindebantur et conturbabantur.’
Hij schreef: De judaeorum et christianorum messia (Ultraj. 1654); De S.S. trinitate ex judaeis contra judaeos probanda (Ultraj. 1655); Judaeus christianizans circa principia fidei et S.S. trinitatem (Ultraj. 1660); De practijk des christendoms, voorgestelt in vragen en antwoorden, mitsgaders geestelijke printen van enen onwedergeboren op zijn