Had hij te Groningen trouwe vrienden verlaten, in Leiden verwierf hij zich weldra nieuwe in F. Haverschmidt (Piet Paaltjens), J. Henny (Jan van Zutphen), W. van der Kaay, H. Kern, A.G. Kok e.a. Verwijs was een levenslustig student, ‘die altijd meedeed en nooit blasé werd’, doch die zich vaak al te weinig om de kunst van het maat-houden bekommerde.
Nadat hij zijn candidaats en doctoraalexamen in de letteren had afgelegd, verliet hij in 1857 Leiden, om in de ouderlijke woning te Deventer aan zijn dissertatie te gaan werken. 23 April van dat jaar promoveerde hij op een in het Nederlandsch geschreven proefschrift (een zeldzaamheid in dien tijd) over Jacob van Maerlant's Wapene Martijn. Het volgend jaar werd hij benoemd tot docent in de nieuwe talen aan het gymnasium te Franeker, waar hij tot 1862 bleef. Hij werd toen archivaris-bibliothecaris der provincie Friesland, waarvoor hij zijn woonplaats naar Leeuwarden overbracht. Hier in L. was Verwijs ook schoolopziener in het eerste district van Friesl. en was hij tevens enkele jaren lid van de examen-commissies voor akten M.O., gelijk later te Leiden. In 1868 n.l., na den dood van Dr. L.A. te Winkel, werd hij op aanzoek van prof. de Vries mederedacteur van het Woordenboek der Nederlandsche taal, kort daarna ook van het Middelnederlandsch Woordenboek, later voortgezet door Dr. J. Verdam. Hij verplaatste toen zijn woning naar Leiden, waar hij, na een afwezigheid van elf jaren, andermaal een gelukkigen tijd heeft doorgebracht, werkende aan zijn geliefkoosde studiën en den omgang genietende van oude en nieuwe vrienden. Maar in 1872 begon de levenslustige en sterke man te lijden aan een borstkwaal, die de oorzaak van zijn vroegtijdigen dood zou worden. Wel gelukte het hem nu en dan voor een poos zijn ziekte te bedwingen (hij vertoefde daarvoor bij afwisseling in Doorn, Mentone en Méran), doch eindelijk moest hij den strijd opgeven. In 1879 verhuisde hij van Leiden naar Arnhem, waar hij het volgend jaar overleed, kinderloos, doch beweend door een liefhebbende gade en door tal van oprechte vrienden. Verwijs was sinds 1864 gehuwd met
Lamberdina Henrietta Telting. Zijn kostbare boekerij had hij vermaakt aan de Maatschappij der Ned. Letterkunde te Leiden, waarvan hij sedert 1857 een zeer werkzaam lid was. Behalve van deze Maatschappij, was hij een gewaardeerd lid van de Kon. Akad. v. Wetensch., van het Friesch genootsch. voor oudh.-, taal- en geschiedkunde, van het Prov. Utrechtsch genootsch. v.K. en W. enz. In 1877 was hem te Amsterdam aan de nieuwe universiteit ald. een leerstoel voor de Ned. taal- en letterkunde aangeboden, maar om zijn al zwakker wordende gezondheid meende hij daarvoor te moeten bedanken.
In zijn voorkomen en optreden herinnerde Verwijs aan zijn ouderen tijdgenoot Bakhuizen van den Brink, dien hij hoog vereerde. Evenals deze had hij een sterk gestel, een forsch en ridderlijk karakter, een helder verstand, een critischen geest, een levendige fantasie, een buitengewone werkkracht.
Een groot aantal geschriften zag van Eelco Verwijs het licht. Behalve zijn dissertatie: Jacob van Maerlant's Wapene Martijn, met de vervolgen, kritisch uitgegeven en toegelicht (1857), noemen wij zijn Bloemlezing uit Middelnederlandsche dichters, met een Korte Middelnederl. Spraakkunst (1858-67; 4 dln.) en zijn Nederlandsche klassieken (1862-69; 6 dln.). Verder zijn Tien goede boerden (1860); Jacob van Maer-