Negapatnam met verbazende kosten en moeite van verdedigingswerken voorzag. In 1690 stichtte van Reede het theologisch seminarium te Naloer bij Jafnapatnam, dat wel een grooten en snellen bloei beleefde, doch reeds in 1723 moest worden opgeheven. Ondertusschen ging de regeerings-commissaris met straffe hand te werk tegen de vele misbruiken die als de kanker aan de Compagnie knaagden. Overal werden zonder aanzien des persoons de ambtenaren, die ‘suspect’ waren, afgezet. Veel haalde het niet uit. Zij, die den buidel vol hadden, werden verwijderd en door anderen vervangen, die niets bezaten en des te ijveriger waren om zich ten koste der Compagnie te verrijken. In het volgend jaar, 1691, ging van Reede aan boord van het schip ‘Drechterland’ om het rijk van Guzeratte, met de hoofdplaats Suratte, te bezoeken, doch vóór hij aan land stapte, overleed hij aan boord van het genoemde schip, ongetwijfeld vergiftigd door ambtenaren, die zich gecompromitteerd wisten. Met groote praal werd zijn stoffelijk overschot te Suratte begraven en nog heden wijst een prachtig mausoleum de plaats aan, waar het lijk van van Reede v. Drakestein rust.
Bovenal is van Reede bekend gebleven door een werk dat op zijn kosten werd samengesteld en uitgegeven, getiteld: Hortus Indicus Malabaricus, continens regni Malabarici omnis generis plantas, Latinis, Malabaricis, Arabicis et Bramanum characteribus et nominibus expressas, una cum floribus, fructibus et seminibus magnitudine naturali etc., per Henr. van Rheede van Draakensteyn, et Jo. Casearium, notis et commentariis ab Arnoldo Sijen. (Amsterdam 1678, fol.). Het geheele werk bestaat uit 12 deelen en bevat 1794 platen. Het laatste deel verscheen in 1703. Casparus Commelin bewerkte een tabel van het gansche werk onder den titel: Flora Malabarica sive Horti Malabarici catalogus; exhibens omnium, ejusdem plantarum nomina guae ex variis cum veteribus tum recentioribus Botanicis collegit et in ordinem alphabeticum digessit. (Leiden, 1696, fol.).
Abraham Pott ving aan het werk in het nederlandsch te vertalen, onder den titel: Malabaarsche Cruythof, vervattende het raarste slagh van allerley soorten van planten, die in het Koningrijk van Malabar worden gevonden nevens derzelver bloemen, vrugten en zaaden. (Amsterdam 1689, fol.). Hiervan zijn echter slechts de beide eerste deelen verschenen. Nog onvollediger is de vertaling in het engelsch door John Hill (Londen 1774, groot 4o.), waarvan slechts het eerste deel het licht zag. Een beoordeeling van het werk is opgenomen in de Acta erud. 1684, 159; 1685, 401; 1688, 479.
Deze Hortus Malabaricus is ook thans nog van wetenschappelijke waarde. Johannes Casearius, predt. te Cochin, schreef den tekst, terwijl de bekwaamste inlandsche teekenaars in dienst waren gesteld om de planten af te beelden. Om de nagedachtenis van den beroemden botanicus te eeren, heeft Plumier een plant van het geslacht guttifera naar hem ‘van Rheedia’ genoemd’
Niettegenstaande aan van Reede in verschillende geneal. Johanna Schadé (zie kol. 1011, reg. 23) tot vrouw wordt gegeven, is dit geheel bezijden de waarheid. Hij is nimmer gehuwd geweest. Wel had hij een dochter Francina, waarvan hem het vaderschap (n.b. bij loting!) was toegekend en die een inlandsche vrouw tot moeder had. Van deze Francina gaat aan de Malabaarsche kust een legende, door verscheidene schrijvers uit den tegenwoordigen tijd naverteld en welke hierop neerkomt, dat zij zich te Trinconomale heeft in zee gestort uit wanhoop over het heimelijk vertrek vandaar