Naber uitgegeven Verisimilia, waarin hoofdzakelijk zes Paulinische brieven behandeld worden, wekten door hunne vrijmoedige tekstcritiek heel wat opzien onder de theologen, ook onder de modernen, wat dikwijls het geval is geweest ook met zijne talrijke goedgeschreven tijdschriftartikelen en de door hem uitgegeven brochures van theologischen aard en wijsgeerig-theologische geschriften als Bespiegeling, gezag en ervaring (1855), Godgeleerde en wijsgeerige opstellen (1861), Oorsprong der moderne richting (1862), Rigting en Leven (1863), Eene Levensbeschouwing (1875) enz., die vooral op de toenmalige academische jeugd veel indruk maakten. Op geschiedkundig gebied gevoelde hij groote bewondering voor Macaulay, wiens Essays hij in zijne Historische en letterkundige schetsen (1860/5) ten deele vertaalde, wiens ‘leven en geschriften’ hij in een voorrede bij het tweede deel daarvan toelichtte en ook later herhaaldelijk besprak in zijne Gidsartikelen. Voor de bekende verzameling van Kruseman schreef hij (1868/72) in vier deelen de Geschiedenis van het Roomsch- Katholicisme tot op het Concilie van Trente, een breed opgezette studie vol merkwaardige gezichtspunten. Zijne Herinneringen uit Pruisens geschiedenis (1872) werden ingegeven door de jongste gebeurtenissen. Zijn Oudere Tijdgenooten (1862/6), zijn omvangrijke studie Willem de Clercq en zijn dagboek (2 dln. 1870/3), zijn Jongere Tijdgenooten (1889/90), vooral zijn van groote kennis der oudheid getuigende Geestelijke Voorouders, een wederom breed opgezette beschavingsgeschiedenis, waarvan hij slechts Israël en Hellas benevens den aanvang van
het Hellenisme kon behandelen (1887-93), volgden. In een aantal tijdschriftartikelen en kleinere studiën behandelde hij Shakespeare, Swinburne, Turgenjew, Bilderdijk, Vosmaer, Victor Hugo, Eliot, Hamann, Jacobi, Mill, Opzoomer, Pascal, Newman en andere coryphaeën van letteren en wijsbegeerte. Zijn drie reeksen Studiën over Johannes Calvyn (1881-1891) getuigden van zijn groote kennis en onverflauwde belangstelling op theologisch gebied. Een enkele maal bewoog hij zich ook op staatkundig gebied, met name (1868/9) in een brochure over De liberale partij en later naar aanleiding der invrijheidstelling van Domela Nieuwenhuis (1887). Zijn vertaling van Aeschylus' Orestie in nederlandsche dichtmaat (1882) is een prachtuitgave van beteekenis. Voegt men bij dit alles de talrijke losse tijdschriftartikelen, vooral in de Gids van zijn hand verschenen, dan krijgt men den indruk van onvermoeide werkzaamheid in allerlei richting, totdat zijn gezondheid hem het werken onmogelijk maakte; zijn laatste arbeid is aan het Hellenisme gewijd geweest.
Zijn portret is gelithographeerd door Jan Veth.
Over hem verschenen na zijn dood verscheidene levensberichten, te vinden in Petit's Repertorium, onder welke dat van zijn vriend S.A. Naber, Allard Pierson herdacht (Haarlem 1897) afzonderlijk dient genoemd te worden. Daaraan en aan diens Levensbericht van Allard Pierson, in het Jaarboek der Kon. Akademie van Wetenschappen (1897) is een uitvoerige bibliografie van de hand van A. Gildemeester toegevoegd.
Blok