Rooyaards en N.C. Kist als buitengewone hoogleeraren in de kerkgeschiedenis benoemd, ambt respectievelijk door hen 20 Juni en 11 October 1823 aanvaard. Dat er tusschen het een en ander verband heeft bestaan, is door Sepp gegist en is inderdaad zeer aannemelijk. Ook te Leiden bleef de moraal hem het liefst, waren de colleges over dat vak het drukst bezocht en heeft hij aan hare beoefening al zijne ongemeene talenten geschonken. In de dogmatiek stond hij niet onder de allereersten, gaf dit vak niet zóó zijn gansche hart, voor een goed deel ook omdat hij, de oude opvattingen hebbende laten varen, met zijne vrijzinnige dogmatische denkbeelden nog niet gereed was.
In zijn huiselijk leven is hij zwaar getroffen geworden, volwassen zonen en dochteren zijn hem in den dood voorgegaan, onder wie zijn trots en glorie, de groninger hoogleeraar, voorts zijne eerste vrouw, die hij in 1826, zijne tweede, Adriana Johanna Pompe van Meerdervoort, die hij in 1832, na driejarig huwelijk, ten grave dragen moest. Geen wonder, dat hij menigmaal kon neerzitten in gepeinzen verloren, door zijn verdriet als door een muur omringd, tot toenadering niet aanmoedigend. Maar wie tot zijne vertrouwden hebben behoord, hebben den rijkdom van zijn geest, de goedheid van zijn hart gekend. Hij heeft ook, trots zijn zwaren rouw, gearbeid tot hoogen ouderdom. Kort vóór zijn 70sten verjaardag, 11 Oct. 1840, nam hij afscheid als academieprediker, Juni 1841 sloot hij zijne colleges en ging wonen op den Brink bij Rheden, waar hij 29 Nov. 1846 is ontslapen, nadat hij nog zijn laatsten zoon Walrand (kol. 232) Dec. 1845, aan den dood had moeten afstaan. Eene groote schare bewees de laatste eer aan het stoffelijk overschot van prof. Clarisse, op het kerkhof te Katwijk. Er bestaan van hem verscheiden portretten, n.l. in litho door L. Springer, J.P. Berghaus, C.C.A. Last, e.a.
Eene lijst zijner geschriften geeft van Langeraad, Het prot. vaderland II, 62, 70 vlgg.
Zie: H. Bouman, Memoria Joan. Clarisse theologi (Traj. ad Rh. 1850); dez., Gesch. d. geldersche hoogesch. II; dez., De godgel. en h. beoef. in nederl. (Utr. 1862); W.A. van Hengel, Toespraak bij het graf van J. Clarisse (Leid. 1846); F.H.G.v. Iterson, Joh. Clarisse sprekende nadat hij gestorven is (Arnh. 1850); M. Siegenbeek in Handel. d. Mij. d. Nederl. Letterk. (1847), 27-38; L. Student. Alm. 1847, 243-253; J. Hartog, Gesch. d. predikk. 335-341; Sepp, Proeve pragm. gesch. sparsim; Glasius, Godg. nederl. I, 254-263; v. Langeraad, Het prot. vaderl. II, 60-73; L. Knappert, Gesch. d.N.H.K. II, 239-242.
Knappert