Gelukkig kon Walaeus in 1596 een beurs van de Staten van Zeeland machtig worden, en nu kon hij in drie jaar tijds te Leiden zijn studie geheel voleindigen. Gedurende den laatsten tijd woonde hij daar in bij den beroemden hoogleeraar Franciscus Gomarus. Na 1599 volgden voor Walaeus nu nog twee jaren van reizen. Met zijn tijdgenoot Apollonius Schotte maakte hij een studiereis door Frankrijk, Zwitserland en Duitschland, en was in 1601 weer te Leiden bij Gomarus terug. Dadelijk viel hem de eer te beurt door de gemeente te Leiden tot het predikambt te worden beroepen. Hij bedankte echter, en nu legde dadelijk Middelburg (waar bovendien zijn ouders nog woonachtig waren) beslag op den jongen, veelbelovenden prediker, in dezer voege, dat hem gelegenheid werd gegeven nu en dan voor de gemeente op te treden, en de kerkeraadsvergaderingen bij te wonen. Het was in dezen tijd, dat de classis van Walcheren een persoon zocht voor de hervormde gemeente van Calais. Ook deze plaats werd Walaeus aangeboden, maar, evenals Leiden, door hem afgeslagen. Gelukkiger was Koudekerke. Naar deze vlak bij Middelburg gelegen gemeente nam Walaeus in 1602 het beroep aan. In 1603 huwde hij aldaar met Paschasia van Isenhout uit Middelburg, en reeds 1 Dec. 1604 beriep Middelburg hem nu als vast leeraar, als opvolger van Michiel Panneel. Aan dit aanbod kon Walaeus geen weerstand bieden, en zoo werd hij 19 Maart 1605 als predikant te Middelburg bevestigd. 14 jaren zou deze gemeente hem in haar midden zien, niet alleen als zeer geliefd prediker maar ook als predikant, die een levendig aandeel nam in de geestelijke stroomingen van zijn tijd, zoo zelfs, dat bij den dood van Arminius in 1609 Walaeus als diens opvolger genoemd werd. Zooals bekend, kwam de vacante leerstoel aan den
arminiaan Vorstius, hetgeen het vertrek, van Gomarus uit Leiden ten gevolge had. Middelburg wist daaruit en uit de bekendheid van Walaeus met Gomarus, munt te slaan door laatstgenoemde in 1611 als predikant naar Middelburg te beroepen, en hem tevens enkele lessen in de exegese aan de latijnsche school op te dragen. Op deze wijze dacht men van die school geleidelijk een illustre school te maken; immers aan Walaeus was reeds vroeger, nadat hij het aanbod om zijn vroegeren leermeester Gruterus als rector op te volgen had afgeslagen, het onderwijs in de grieksche wijsbegeerte en later, na de komst van Gomarus, in de geloofsleer opgedragen. Zoo goed het echter vroeger in Leiden tusschen Walaeus en Gomarus gegaan was, zoo slecht ging het thans in Middelburg. Gomarus kon zijn' vroegeren leerling niet als gelijke naast zich zien, en vond bovendien veel kettersch in zijn leer. Hij verliet daarom reeds in 1614 de stad, en van de Illustre School is verder niets gekomen. Alleen behield Walaeus ook later nog den titel van ‘hoogieeraar’, en had zelfs als zoodanig vanwege Zeeland zitting in de Synode van Dordrecht van 1618. Bij de contra-remonstranten was zijn aanzien door het gebeurde met Gomarus echter niet gedaald. Dit bewijst wel het feit, dat hij in 1617 eenigen tijd door Middelburg werd afgestaan aan prins Maurits, om dezen in de twisten van dien tijd van advies te dienen. De prins bood hem zelfs ook het ambt van hofprediker aan, maar liever keerde Walaeus naar Middelburg terug, waar hij intusschen slechts nog kort zou blijven. Gedurende de Synode te Dordrecht van 1618 was hij geruimen tijd afwezig (van daar uit werd hij ook door den prins ontboden om Oldenbarneveldt in diens laatste uren bij te staan) en het kan geen verwondering baren, dat hij, die
Auteursrecht onbekend