van 1795 werd hij lid van het Provinciaal Comité van Revolutie te Leeuwarden, en daarna door Friesland benoemd tot lid van het Comité tot de Algemeene Zaken van het Bondgenootschap te Lande; hij zat daar in het departement van financiën. In Aug. 1797 werd hij door Sneek verkozen tot lid der tweede Nationale Vergadering; maar als gematigd federalist werd hij bij den staatsgreep van 22 Jan. 1798 gevangen genomen en op het Huis ten Bosch geïnterneerd. 14 Juli d.a.v. werd hij ontslagen en kort daarna door het Uitvoerend Bewind benoemd tot een geheime commissie en later toegevoegd aan den Directeur der Militaire Financiën van het Agentschap van Oorlog. 1 Oct. 1799 trad hij in functie als raadsheer in het Departementaal Gerechtshof van den Ouden IJsel te Kampen, waarvan hij vervolgens ook president werd. Na de constitutie van 1801 werden de departementale gerechtshoven gecasseerd; Scheltema werd benoemd tot lid van den Zeeraad, nadat hij 31 Mrt. 1802 het presidium van het Gerechtshof had neergelegd. In Juni 1805 werd de Zeeraad ontbonden; Scheltema werd tevens benoemd tot lid van den Raad van Judicature over 's Rijks Middelen te Water en te Lande. In Nov. 1806 benoemde koning Lodewijk hem tot commies-generaal der Convoyen en Licenten te Amsterdam; buiten zijn ambtsbezigheden heeft hij hier als curator der stads-armenscholen veel voor het lager onderwijs gedaan. In Juli 1811 bedankte hij voor het hem aangeboden ambt van Premier Vérificateur des Douanes te Amsterdam, maar werd daarna benoemd tot vrederechter te West-Zaandam; hier vond hij gelegenheid het verblijf van Peter den Groote en onze betrekkingen met Rusland te bestudeeren. Na de revolutie van 1813 werd hij bij besluit van 13 Jan. 1814 benoemd tot griffier van het
Hooge Gerechtshof van Financiën en Zee-zaaken; 5 Febr. werd hij als zoodanig geïnstalleerd. Hij vond in deze jaren gelegenheid en tijd genoeg om zijn historische studiën voort te zetten. Toen het genoemde Hooge Gerechtshof werd opgeheven, werd Scheltema in 1820 tot griffier van het Hoog Militair Gerechtshof benoemd, welk ambt hij tot zijn dood heeft waargenomen. Hij was 22 Nov. 1789 te Amsterdam gehuwd met zijn nicht Pietje Ennema.
Scheltema heeft zeer veel geschreven; hij schreef en sprak zeer gemakkelijk. Talloos zijn de memoriën en rapporten, door hem q.q. opgesteld, grootendeels nog ongedrukt. Een soortgelijk karakter dragen ook vele van zijn geschiedwerken; het zijn meer rapporten dan beschrijvingen. Groot was zijn belangstelling in de meest uiteenloopende onderwerpen; hij was een onvermoeid onderzoeker van allerlei historische kleinigheden en bijzonderheden. Vandaar, dat hij het zelden tot een geschiedwerk van breede conceptie bracht. Daarom moeten in de eerste plaats worden genoemd zijn onderzoekingen over onze betrekking tot Rusland, vooreerst Peter de Groote, Czaar en Keizer van Rusland, in Holland en te Zaandam in 1697 en 1717 (Amst. 1814, 2 dln.), dan Alexander, Keizer van Rusland, in Holland en te Zaandam 1814 (Amst. 1814), maar vooral Rusland en de Nederlanden, beschouwd in derzelver wederkeerige betrekkingen tot op den jare 1725 (Amst. 1817-1819, 4 dln.), dat, hoewel alleen geput uit nederlandsche bronnen, voor dit onderwerp nog altijd het bruikbaarste werk is. Van gewicht, omdat het voor een deel uit authentieke bronnen is geput, is ook De laatste veldtogt van Napoleon Buonaparte, met eene kaart (Amst. 1816). Dan moeten worden genoemd zijn Geschiedenis der heksenprocessen