Windesheim en zijn invloed, uitgegeven door het Provinciaal Utrechtsch Genootschap van K. en W. (Utrecht 1875-1886, 3 dln.) was het bekroonde antwoord op een prijsvraag over een onderwerp, waarover hij al zeer lang studie had gemaakt. Vandaar dat dit boek, geput uit den volledig bekenden bronnenschat, de geestelijke beweging van Windesheim naar de historisch nagespeurde waarheid kon beschrijven; daar Acquoy bovendien de taal der vroomheid in iederen vorm verstond, kon hij in het zieleleven der Windesheimers doordringen en zich geheel daarin inleven. Zijn Handleiding tot de kerkgeschiedvorsching en kerkgeschiedschrijving ('s Grav. 1894; 2e dr. d.F. Pijper, 's Grav. 1910) vat zijn praktijk theoretisch samen; daarin zijn zoowel zijn uitnemende methode als zijn neiging om ook niet het geringste over te slaan waar te nemen.
Naar zijn beproefde methode heeft hij niet alleen tal van leerlingen tot kerkhistorici gevormd, maar ook zelf een zeer groot aantal onderwerpen monographisch behandeld. Uit den aard der zaak trok het geestelijk ieven der middeleeuwen vooral in ons land steeds zijn aandacht. Daarnaast en in verband daarmede heeft hij altijd de kerkmuziek binnen den kring van zijn onderzoek getrokken; het geestelijk lied vóór de Hervorming dankt aan hem zijn resurrectie; zijn muzikale aanleg en kennis kwamen hem daarbij uitnemend te stade. Theoretisch en practisch heeft hij zich verder de zaak van het zeer verwaarloosde gezang der Hervormden aangetrokken; hij gaf uit Het Boek der Psalmen naar de berijming van 1773, met de zangwijzen, volgens de eischen der Nederlandsche versmaat ingericht .... (Amst. en Haarl. 1896. 4o.).
Zijn hs. aanteekeningen en aanvullingen op zijn uitgegeven werken berusten in de leidsche univ. bibliotheek, de door hem verzamelde handschr, in de Kon. Bibl. te 's Grav.
Zie: H.C. Rogge in Jaarboek van de Kon. Akad. van Wet. 1897, 57 vlg.; F. Pijper in Levensb. Lett. 1898, 290 vlg.; dez. in Ned. Spect. 1896, 417 vlg.; St. Gregoriusblad 1897, 1 vlg.; P.A. Klap in Theol. Studiën 1897, 69 vlg.; H.C. Rogge in Arch. v. Ned. Kerkgesch. VI, 1 vlg.; dez. in Tijdschr. v. Ned. Muziekgesch. V, 220 vlg.
Brugmans