Om nu gemakkelijk met zijn vrienden in den Haag te kunnen verkeeren, vertrok hij in Mei 1663 naar Voorburg, waar hij bij Tydeman in de Kerkstraat woonde en stelde daar zijn Godgeleerd-Staatkundig Vertoog op, dat blijkbaar met goedkeuring der hooge overheid (wat later Johan de Witt nadrukkelijk verweten werd), in 1670 verschenen is.
Dit werk vestigde zijn naam in geheel Europa, dit bezorgde hem een vereerend aanbod van Lodewijk XIV, wat door hem werd afgewezen en een verzoek om hoogleeraar te Heidelberg te worden, waarvan hij evenzeer afzag om zich beter aan de studie van zijn eigen stelsel te kunnen wijden.
Zijn wankele gezondheid - hij leed aan de tering en misschien ook onaangenaamheden die hij in Voorburg van de orthodoxen had te verduren - bewogen hem in hetzelfde jaar, waarin het tractaat verscheen, naar den Haag te trekken, waar hij eerst bij de weduwe van Velen op de Veerkade, en daarna bij Hendrik van der Spyck, ouderling der Ev. Luth. gemeente en solliciteur-militair zijn intrek nam. Vandaar uit trok hij in 1673 naar Utrecht, misschien als geheim onderhandelaar van wege de Statenpartij met de Franschen: den 9den Juni besloten de Staten tot het doen van ouvertures tot het maken van den vrede met Frankrijk. Einde Juni vertrok Spinoza naar Utrecht. Als vriend van de Witt en bij de Franschen bekend schrijver, was hij bij dergelijke onderhandelingen een aangewezen man.
Ds. Colerus, zijn levensbeschrijver, woonde later in het huis op de Veerkade, waar vroeger de weduwe van Velen woonde, en aangezien Colerus een aanzienlijk man was, is het gelukt dat huis weer te vinden. Het huis van van der Spyck op de Paviljoensgracht is nog te herkennen aan een steen ter gedachtenis van Despinoza in den gevel aangebracht.
Op die Paviljoensgracht heeft Despinoza zijn Ethica in 1675 voltooid, maar niet mogen uitgeven. Want toen hij zich daartoe gereed maakte, stak er zulk een storm op, niet alleen van de orthodoxen, maar ook van de ‘stolidi Cartesiani’ (zie den 68en Brief) dat het onbegonnen werk scheen. Het werk bleef dus liggen tot na zijn dood in 1677, toen hij ‘met 6 karossen en van vele aanzienlijken uitgeleid in de Nieuwe kerk op 't Spuy begraven werd’.
Dat hoofdwerk werd tegelijk met een Vertoog over het Zuivere Denken, het Staatkundig tractaat, zijne Brieven en een hebreeuwsche Grammatica door zijn vrienden Schuller, Meijer en Jelles nog in Nov. van 't zelfde jaar in 't oorspronkelijk latijn en in 't hollandsch uitgegeven.
Het bevat zijn stelsel, waardoor hij zich een onvergankelijken naam verworven heeft, al is die naam ook slechts door 3 letters: B.d.S. en nog wel tegen zijn zin op het boek vermeld geworden. Dat stelsel is de leer der aleenheid in den strengsten zin van het woord. Of men het al, d.i. de wereld der verschijnselen beschouwt uit het oogpunt van het uitgebreide en dienovereenkomstig natuur noemt, of wel uit geestelijk oogpunt en dan met den naam van God betitelt, voor hem was dit een en hetzelfde, dat hij aanduidde onder den naam van het ‘Bestendige’ of de Substantie, het woord, dat het ware karakter van het wezen der dingen aangeeft.
De natuur is niet God, ook de idee is niet God, maar beide deze groepen of categorieën doen ons het eeuwige kennen. Uit de volledige kennis dier Attributen klimmen wij op tot het inzicht in het wezen der dingen (zie Stelling 40 Deel II