echter de stad ontzegd. Daarna begaven zij zich naar Rouaan en naar Parijs. Hier preekten Wtenbogaert en Episcopius in het huis van de Groot. Daarna vestigden zij zich in Rouaan. Hij bleef in correspondentie met de remonstranten in het vaderland en teekende zijne brieven met den schuilnaam Simon de Wachter, ook wel Vigilantius. In zijn Bodecherus ineptiens verdedigde hij nogmaals de confessie. Voorts schreef hij een Tractatus brevis de libero arbitrio en bestreed hij de professoren Capellus te Saumur en Camero te Montauban in geschriften die later verschenen. Na vele omzwervingen in Frankrijk, waar sinds 1623, het noodlottige jaar van den aanslag op Maurits, ook hem gevaar bedreigde, besloot hij zich in te schepen naar het vaderland. 28 Juli 1626 kwam hij te Rotterdam aan. Weldra kwam ook Wtenbogaert. Samen leidden zij nu de zaken en bestuurden de Broederschap. Onder het gematigd en welgezind bestuur van Frederik Hendrik verminderden de vervolgingen. Episcopius was te Rotterdam veilig en trouwde er met Maria Pesser. Ook te Amsterdam predikte hij en wijdde aldaar in 1630 de kerk in der remonstranten, door Vondel bezongen. Toen de remonstranten besloten in 1634 een seminarium te stichten, was Episcopius de aangewezen leidsman.
Negen jaren heeft hij het professoraat bekleed. In die jaren vooral heeft hij zich de wetenschappelijke grondlegger en verdediger der remonstrantsche theologie betoond. Bovendien predikte hij. Na zijnen dood verschenen drie deelen preeken. Hij schreef formulieren voor doop en avondmaal. Tallooze uitgegeven en onuitgegeven brieven liet hij na. Tegen de critiek van eenige leidsche professoren schreef hij zijne Apologia pro Confessione, een uitvoerig en voortreffelijk werk. Toen dit weder werd aangevallen, verdedigde hij zich nogmaals met groote kracht in zijn Responsio. In al deze werken blijkt, dat het dezen theoloog, schoon hij onder de kundigste en scherpzinnigste theologische denkers van zijn tijd een eereplaats inneemt, geenszins alleen om de theologie, maar bovenal om den godsdienst, om de vrije ontwikkeling van het godsdienstig denken en tevens om de eenheid aller volgelingen van Christus te doen was. De tegenstanders lieten hem niet met rust. Aanhoudend had hij te strijden met Walaeus, Vedelius, Trigland, Heidanus en Doucher. Zijn grootste dogmatische werk droeg den titel: Inst tutiones theologicae. Het is niet voltooid, maar bevat veel belangrijks. Hij heeft nooit voor zijn dogmatiek of zijn confessie eenig bindend gezag opgeëischt. Zijn Responsio ad quaestiones theologicas 64 is een apologie van het vrijzinnig-theologisch christendom van dien tijd, en geeft een klaar beeld van geest en strekking van zijn onderwijs. Zijn theologie wilde geen speculatieve, maar een practische wetenschap zijn, op het religieuze leven zelf gericht. De ethisch-religieuze critiek van de dogmatische scholastiek en sophistiek, vooral in de praedestinatieleer toegepast was zijn groote kracht. In zijn leer van de drieëenheid en de
erfzonde week hij ook van de traditioneele opvattingen af. In de jaren 1632 en 1640 streden Amsterdam en Rotterdam om het bezit van Episcopius en het seminarium, een bewijs hoe geliefd ook zijn persoon was. Hij had het plan nog naar Rotterdam terug te keeren. Zijn dood heeft het verhinderd. Hij overleed te midden van onafgebroken arbeid. Zijne opvolgers aan het remonstr. seminarium, de professoren Curcellaeus en Poelenburgh, gaven in 1650 en 1655 in twee deelen fo. zijne Opera theologica uit.