Was de arbeid van de Bordes in de eerste jaren, nagenoeg onafhankelijk als hij was, zeer aangenaam en loonend, dit veranderde, toen de Maatschappij met geldelijke moeilijkheden te worstelen kreeg. In 1867 werd de gepensionneerde zeeofficier J. Groll tot lid van den raad van beheer benoemd, en werd de Bordes, die zelf bij den aanleg in Nederland anderen zoo ‘gemassregelt’ had, door dezen zeer voortvarenden, met Java goed, en wel op werktuigkundig, maar niet op spoorweggebied deskundigen man, ‘gemassregelt.’ Groll vertoefde in 1868 drie maanden op Java en was zoo verstandig, zich toen van critiek op den hoofdingenieur der maatschappij te onthouden. Maar door zijn invloed werd bepaald, dat de lijn Batavia-Buitenzorg met smal spoor aangelegd zou worden, hetgeen de Bordes hevig tegen de borst stuitte. Nog onaangenamer was voor hem de oprichting van een plaatselijk comité voor den spoorweg op Java, waarvan voorzitter werd de majoor der genie D. Maarschalk, een zeer heerschzuchtig man. In 1869 beklaagde de Bordes zich over diens inmenging, en de onvermijdelijke uitkomst was, dat hij zijn ontslag verzocht. De lijn Samarang-Soerakarta heeft hij intusschen nog afgewerkt, en tegen het eind van 1869 keerde hij in het vaderland terug, terwijl hij met 1 Oct. 1870 eervol uit den dienst der Maatschappij ontslagen werd. Na zijne terugkomst in Nederland heeft de Bordes in de vergadering van het Kon. Inst. v. Ing. van 11 Apr. 1871 (Not. K. Inst. v. Ing. 1870-71, 84,) dezen spoorwegbouw beschreven, en men ziet hieruit, welk een tal van moeilijkheden hij heeft weten te overwinnen; men moet den man bewonderen, die in een land als Java in betrekkelijk korten tijd, terwijl hij om zoo te zeggen zonder voorbeeld werkte, deze moeilijke
lijnen tot stand heeft weten te brengen, zonder dat hij bij het verschaffen van arbeidskrachten eenige hulp van de regeering heeft gehad.
Eene commissie, die had te oordeelen over de vraag, wat voor de spoorwegen op Java aangenomen beboorde te worden, breed of smal spoor, door den minister van koloniën 22 Febr. 1871 ingesteld, bracht 17 Aug. van dat jaar verslag uit. De minderheid, bestaande uit de Bordes en nog een lid, bepleitte breed, de 5 overige leden smal spoor, en de raad der commissie werd voor de staatsspoorwegen op Java gevolgd. Jaren lang heeft de Bordes voor breed (h.t.l. normaal) spoor gestreden, doch hij heeft het pleit verloren, hoewel hij bekwame medestanders had, als van den Bergh en Fijnje en een man uit de praktijk der exploitatie, Stous Sloot. Hij berekende, dat de kosten van het verschil in aanleg door de mindere exploitatiekosten van breed spoor ruimschoots gedekt zouden worden.
In 1873 werd de Bordes lid van den raad van commissarissen der Ned.-Ind. Spoorwegmij. Hij heeft hier gelegenheid gehad, in 1877 weder voor zijne denkbeelden te strijden doch door zijnen mede-commissaris Daum bestreden, stond hij alleen. Tegen alle verwachting had hij ditmaal succes, daar de regeling, door de Maatschappij met den Staat getroffen, volgens welke het smal spoor op de lijnen Samarang-Vorstenlanden met geldelijke hulp van het gouvernement zou worden ingevoerd, door de Tweede Kamer verworpen werd.
Toen in 1895 de Ned.-Ind. Sp. Mij. haren werkkring begon uit te breiden, door den aanleg van voedingsstoomtramwegen, stelde het gouvernement als voorwaarde, dat deze smal spoor moesten hebben. De Bordes kon niet anders dan zwichten, en heeft zeer tegen zijn zin daartoe medegewerkt. In 1871 gaf hij een advies over een spoorweg, te