Gesch. Bisdom Haarlem IX, 99 enz.), welk wantrouwen niet weinig werd vermeerderd, toen de Jansenisten overgingen tot de keuze en wijding van een eigen bisschop tegen de goedkeuring van Rome. Echter gaf hij nog geen uitvoering aan het bij hem opgekomen plan om de partij der Jansenisten te verlaten, want in Juli 1723 zien wij hem door G. van Dijk benoemd tot pastoor te Vianen. Einde Jan. of begin Febr. 1724 begaf Backhuysen zich naar Joannes van Bijlevelt, den toenmaligen apostolischen vicaris der Hollandsche zending om zijn dwaling af te zweren en zich te laten opnemen in de roomsch-katholieke Kerk. 24 Mei 1724 werd hij door Rome ontslagen van alle beloopen kerkelijke straffen.
Backhuysen was van plan om in Vianen te blijven wonen, doch op bevel van den internuntius te Brussel, Mgr. Spinelli, verliet hij 28 Febr. 1724 dit stadje en begaf zich door bemiddeling van den vicaris-generaal C.P. Hoynck van Papendrecht naar den kardinaal-aartsbisschop van Mechelen, Mgr. d'Alsace. Sinds 1724 trad hij in gedrukte en ongedrukte geschriften op als een fel bestrijder der utrechtsche scheuring, wat hij gebleven is tot zijn hoogen ouderdom. In 1725 gaf hij zijn Plenaria Sedis Apostolicae uit, om te bewijzen, dat het utrechtsche kapittel geen canonieke rechtsgeldigheid bezat. Het jaar daarop verscheen zijn Responsio apologetica om zijn overgang tot de r.k. Kerk tegen alle aanvallen te verdedigen. Ten gevolge. van zijn strijd met de Jansenisten zien wij hem in de jaren na zijn bekeering herhaaldelijk Mechelen verlaten om te Utrecht, Amsterdam en elders de Jansenisten in hun meest versterkte burchten aan te tasten. Van zijn strijdmethode kan in het algemeen worden gezegd, dat hij in zijn geschriften wel altijd trouw de waarheid diende, maar het zeer dikwijls deed op minder voorzichtige wijze. Zijn voortvarende ijver bezorgde hem vele vijanden, niet alléén bij zijn tegenstanders, maar ook bij zijn katholieke vrienden, die in hem een minder welkomen medestrijder begroetten. Gevolg was, dat hij door zijn geestelijke overheid in het laatst van 1734 of begin 1735 voor goed van het strijdperk naar de Zuidelijke Nederlanden werd teruggeroepen (zie Archief Gesch. Aartsbisdom Utrecht I, 319). Hij vestigde zich achtereenvolgens te Leuven, Mechelen en Brussel, waar hij kapelaan was in het huis van graaf Frederik de Harrach, eerste-minister van Maria Elisabeth. Na zijn benoeming tot kanunnik der St. Donatiaanskerk leefde hij te
Brugge tot zijn dood.
Hij schreef: Plenaria Sedis apostolicae in missionem Batavam asserta jurisdictio (1725, 2e dr. Amst. en Gent 1726); van dit geschrift verscheen een uitgebreide, onvoltooide omwerking (Utrecht 1726-1732, 3 vol.); Responsio apologetica Tilmanni W. Backhusii (Amst. 1726); Epistola ad perillustrem et spectatissimum Dominum N.N. (Amst. 1727); van dit schrijven verscheen een uitgave in klein 12o en een holl. vertaling waarschijnlijk van Backhusius (zie W. Kemp, Hist. verhaal der Utrechtsche Kerk IX, 18); Memorie aan de Ed. Mog. H.H. Staten van Hollant en W.-Frieslandt, ingediend in het najaar van 1726. Backhuysen was ontwerper en opsteller (zie zijn werk de Z.B. van Espen 43); Brief van Germanus Veridicus aan Willebrord Kemp (Utrecht 1729); De Zegero Bernardo van Espen, waarschijnlijk uitgegeven 1770, 2e druk verscheen te Leuven. Kort daarop verscheen het opnieuw onder den titel: Acta Z.B. van Espen in Univ. Lovan.