1848; Onderzoek naar de leer des N.T., ook der heilige schriften des O.V., ald. 1849; Leerrede ter nagedachtenis van Matthijs Siegenbeek, Leiden 1855; De Tübingsche School. Open brief van B. Hase aan F.C. Bauer, Haarl. 1855; Vader! Uw wil geschiede! Bladen uit het levensdagboek van een leeraar. Naar Aug. Wildenhahn, ald. 1855, 3e dr. ald. 1863; Werp al uwe bekommernissen op den Heer. Naar denzelfden, ald. 1856; De zeven kruiswoorden, ald. 1856; Proeve eener pragm. gesch. der Theologie in Ned. van 1787 tot 1858 (uitg. Teyler) Haarl. 1860, 2e dr. Amst. 1860, 3e dr. ald. 1867. Joh. Stinstra en zijn tijd, 2 dln. Amst. 1865; Woorden ter naged. van D. Tieboel Siegenbeek, 1866; De meest gewenschte Maecenas voor Kunsten en Wetensch. Amst. 1867; Geschiedk. nasporingen, 3 dln. Leiden 1872-'75; Het Godgeleerd onderwijs in Ned. in de 16e en 17e eeuw, 2 dln. Leid. 1873-'74; Drie evangeliedienaren uit den tijd der Hervorming, Leid. 1879; Polemische en irenische theologie, Leid. 1881; Bibliogr. mededeelingen Leid. 1883; Kerkhist. studiën, Leid. 1885; Bibl. van Nederl. kerkgeschiedschr., Leid. 1886; Verboden lectuur, Leid. 1889; Uit het predikantenleven van vroegere tijden, Leid. 1890. In de Handelingen van de Mij. der Ned. Lett., gaf hij de levensberichten van A. de Vries, 1863; K. Sybrandi, 1873; S. Muller, 1873; W. Eekhoff, 1881; D.J. Scheeres, 1884. Een volledige opgave zijne geschr. vindt men achter de hem waardige levensschets, in Sept. 1890, als handschrift gedrukt te Beverwijk, door den hier volgenden ambtgenoot en aanverwant van zijn oom geschreven, in bescheiden afwachting van een uitvoeriger arbeid, waarin de veelzijdige gaven en verdiensten van Dr. C. Sepp, breeder kunnen uiteengezet worden.
(J. Sepp, Ter Gedachtenis, Beverwijk, 1890).