hij te Batavia terug, maar liet zich vinden, om nog twee en een half jaar op Formosa werkzaam te zijn met een maandelijksch inkomen van f 140. - en een kostgeld van tien rijksdaalders, ‘eene soldije, nooit te voren aan eenig predicant gegeven’.
Toen hij den 14en December 1643 weer te Batavia was teruggekomen, wilde men hem overreden, om nog langer in dienst te blijven, maar het verlangen, om zijn vaderland en zijn moeder terug te zien, alsmede gezondheidsredenen deden hem besluiten, naar Holland weer te keeren. De ‘reformator van Formosa’ kwam het volgend jaar behouden in Nederland aan, werd in Zeeland door een deputatie uit den kerkeraad van Middelburg op 6 Augustus 1644 verwelkomd en ontving spoedig een beroep naar Delft, waar hij op 15 Januari 1645 werd bevestigd. In dien tijd lieten Bewindhebbers der O.I. Compagnie zijn katechismus in de Formosaansche taal aldaar drukken. Op 8 December 1650 te Amsterdam beroepen, meende hij daarvoor te moeten bedanken (12 Januari 1651), maar toen hij spoedig daarna voor de tweede maal gekozen werd, nam hij het beroep aan en deed den 9en Februari 1653 intrede. Inmiddels waren in 1649 klachten over hem ingekomen uit Formosa, waarschijnlijk van hen, die hem benijdden en niet met zooveel succes aldaar werkzaam waren, als Junius door zijn ijver en bekwaamheid verkregen had, terwijl in 1654 de kerkeraad te Batavia zich beklaagde over een memorie, door hem bij Heeren XVII ingeleverd. De oorzaak was hoofdzakelijk hierin gelegen, dat Junius na zijn terugkomst bij de Commissie ad res Indicas, bij de classis Schieland en bij die van Walcheren, welke altijd zooveel belangstelling in zijn werk getoond had, een verslag had ingediend omtrent zijn arbeid, dat groote verwachtingen had gewekt en sommige predikanten had doen besluiten ook erheen te gaan; nu vielen het verblijf en de moeilijkheden, eraan verbonden, niet mee en Junius kreeg de schuld. Gelukkig voor hem had de Commissie ad res Indicas een beter oordeel over zijn persoon en werk en toonden anderen, waaronder de Delftsche rector Jacobus Crucius, hem schriftelijk, hoe hoog zij hem waardeerden.
Kort na zijn intrede te Amsterdam (Augustus 1653) werd Junius, hetzij op hooger verzoek, hetzij vrijwillig, predikant op de vloot van Tromp, waarbij hem bijzondere voorrechten werden toegekend: een afzonderlijk dienaar zou te zijner beschikking staan en hij zou ‘een vrije en gesepareerde plaetse’ hebben ‘omme daar inne zyne meditatien zonder eenige verhindering te moogen doen’. Den 10en Augustus is Tromp bij Ter Heide gesneuveld, maar de vloot bleef in zee, om een aantal koopvaarders te convoyeeren, waarna zij op 4 November te Texel binnenviel. Later verzocht men Junius weder, op de vloot te komen dienen, maar hij weigerde en bleef te Amsterdam, waar hij reeds den 28en Augustus 1655, oud 49 jaar, aan de pest overleed. Zoowel te Delft als te Amsterdam leidde hij, op kosten der Compagnie, studenten op voor den dienst als predikant in Oost-Indië. Aan zijn zinspreuk ‘Ora et labora’ is hij zijn leven lang getrouw gebleven.
Junius was in April 1629 te Batavia gehuwd met Geertruijd van Nederhoven, van Dordrecht afkomstig, die hem een zoon schonk, Samuel genaamd. Deze studeerde te Utrecht in de theologie en in de geneeskunde, promoveerde in laatstgenoemde wetenschap, maar werd predikant te Haringhuizen (1659), Overschie (1662) en in 1684 te Breda; de Prins van Oranje beriep hem hier om te prediken en de geneeskunst uit te oefenen en stelde hem daarna tot zijn lijf-medicus aan. Hij komt te Breda niet op de lijst der predikanten voor. Na het overlijden van zijn eerste vrouw is Junius hertrouwd, volgens v. Troostenburg de Bruyn met Elisabeth van de Corput, maar volgens de Nav. op 7 Januari 1645 te Delft met Engeltjen Murmans, die op 30 December 1697 overleed.
Verschillende afbeeldingen zijn van Junius bekend: één gegraveerd door P. de Jode naar