Vooral echter heeft hij zich bekend gemaakt op het gebied der exegese van het N.T. De hoogleeraar Van Hengel had in 1852 een Proeve van grondslagen voor eene nieuwe Nederduitsche Bijbelvertaling uitgegeven (zie boven, III, 686) en in Betrekking van het gevoel tot het uitleggen van den Bijbel ('s-Hert. 1852) betoogd, wat men daaronder te verstaan had. Holwerda meende echter, dat de arbeid der exegeten van die dagen geen waarborg voor deugdelijkheid opleverde en dat duistere plaatsen onder hun behandeling even duister bleven als tevoren, omdat zij deden, of alles duidelijk, althans verklaarbaar was. ‘Het zou weleens kunnen gebeuren, dat men [den uitlegger] toeriep: “Maak toch, dat wij de schrijvers, die gij behandelt, eindelijk eens begrijpen”’, zoo luidt het in zijn geschrift: De betrekking van het verstand tot het uitleggen van den Bijbel enz. (Gor. 1853). Hierin en in de spoedig daarop gevolgde Uitlegkundige aanteekeningen op eenige plaatsen uit het N.T. (Gron. 1853) en Bijdragen tot de uitlegging van het N.T. (Leid. 1854), behandelde hij vele moeilijke plaatsen en grammaticale vragen, die daarbij ter sprake kwamen. Ook plaatste hij in de Jaarb. v. Wetensch. Theol., dl. XII, 1e stuk: Nog eenige opmerkingen betreffende Matth. 3:15, 27:28, Marc. 15:36, Luc. 13:28, Joh. 19:29 en volgde bij de behandeling dezer onderwerpen een eigen weg: hij wees erop, dat verschillende plaatsen in het N.T. in den loop der eeuwen veel geleden hadden, waarbij hij zich o.a. op het getuigenis van Origenes beriep en ook aan den codex Vaticanus groote waarde toekende, maar ging slechts met de grootste omzichtigheid tot het stellen van een conjectuur over. Zijn slotsom is dan ook, dat het aantal bedorven plaatsen in het N.T., die door emendatie
of conjectuur kunnen hersteld worden, niet groot is, waaruit echter niet mag worden afgeleid, ‘dat al het overige gezond moet zijn’. De hoogleeraren Bake en Geel toonden zich met Holwerda's werk zéér ingenomen, maar in de vak-tijdschriften was het oordeel meest ongunstig, waarbij vooral een recensie in de Godg. Bijdr. de kroon spande. Holwerda gaf dan ook in Boekz. 1855b, 524 een Antikritiek. Bedenkingen van den schrijver van het werkje: Bijdragen enz. tegen de recensie ... in Godg. Bijdr., 1855, IX, 671-685.
In dienzelfden tijd voerde Holwerda een pennestrijd met den oud-hoogleeraar Hofman Peerlkamp, die beiderzijds van groote waardeering getuigde. Deze had anonym geschreven: Opmerkingen betreffende de Staten-overzetting van de Evangeliën en de Handel. der Apostelen (Amst. 1855), waarvan Holwerda in de Alg. Konst- en Letterbode van 1855 (no 44) een Aankondiging gaf. Een antwoord van Peerlkamp gaf Holwerda Een woord aan den schrijver van het werkje: Opmerkingen enz. (Bijblad v.d. Referent, 1856) in de pen, wederom door dien schrijver bestreden en daarna gevolgd door Holwerda's Open brief aan den schrijver van het werkje: Opmerkingen enz., in hetzelfde Bijblad (1856). Enkele jaren later gaf hij in de Nieuwe Jaarb. v. Wetensch. Theol. (I, 55 vv.) een Proeve eener verklaring van Rom. 9:5, door Hoekstra gecritiseerd in: Holwerda's verklaring van Rom. 9:5 nader onderzocht (1859), waarop Holwerda Nog een woord over Rom. 9:5 (Nieuwe Jaarb. v. Wet. Th., II, 358 vv.) deed volgen. Classicus in merg en been, schreef hij op later leeftijd nog een Annotatio critica in Xenophontis Hellenica (Amst. 1866).
Holwerda was dikwijls scherp van pen en vooral niet zacht in zijn oordeel, als hij bemerkte, dat hetgeen hij een dwaling achtte, grooten opgang maakte. Liefde tot de waarheid heeft hem dan ook altijd gekenmerkt, zelfs zóózeer, dat, indien hij bemerkte daardoor al te scherp geoordeeld te hebben, hij dit niet alleen in vertrou-