Twaalfjarig Bestand de vrede met Spanje zou voorbereid worden en het tegenover de vele voorstanders van den vrede gevaarlijk zou geweest zijn, zich te noemen. De Latijnsche vertaling zou gemaakt zijn ‘om ook naar buiten te werken’ (De Wind). Toen in 1626 dit gevaar niet meer bestond, zou Gysius ook zijn naam niet meer verzwegen hebben en de opdracht, die in den eersten druk luidde aan ‘alle vrome Nederlanders’, werd thans gericht aan de Staten van Holland en West-Friesland. Hiertegenover staat echter, dat de stad Dordrecht hem - volgens Van Doorninck - f 50 schonk voor de eerste uitgave, zoodat Gysius toch blijkbaar als de schrijver bekend stond.
Opmerkelijk is het, dat er groote overeenkomst bestaat tusschen Gysius' boek en den Spiegel der Jeugd, die reeds vóór 1616, in 't begin van het Twaalfjarig Bestand is uitgegeven; zelfs zijn geheele bladzijden woordelijk gelijkluidend. Evenzeer is het tweede deel van de Spiegel der Spaanse Tirannije (Amst. 1638) bijna niets anders dan een verkorting van de Origo et historia, en daarin ook de Historia Tragica eenigszins bekort overgenomen. Of Gysius ook van deze werken de schrijver geweest is, valt niet uit te maken. In zijn Oorsprong verhaalt hij bijzonderheden, die bij Bor, Van Meteren en andere geschiedschrijvers van dien tijd niet gevonden worden, o.a. een breedvoerig verhaal van Montigny's gevangenschap in Spanje.
Ook heeft hij een nieuwe, verbeterde en vermeerderde uitgave bezorgd van Van Haemstede's Martelaarsboek, als: Historiën der vromer Martelaren, die om het getuygenisse der Euangelischer waerheydt haer bloedt gestort hebben van de tijden Christi onses Salighmaeckers af tot den jaere 1656 toe ... ende elck op syn behoorlick jaer en tijdt met grooter vlijt ende neerstigheyt tusschen gevoeght door J.G.O. (Dordr. 1657). Op den gegraveerden titel wordt J.G.O. genoemd: Joannes Gysius, predikant te Streefkerk. Het is mogelijk, dat ook de vorige edities, vanaf die van 1633, bewerkt door I.S., van zijn hand zijn; I.S. moet dan Johannes Streefkerkensis beteekenen. Ook de uitgave van 1657 is herhaaldelijk herdrukt (zie Knuttel, Bibl. v. Kerkg., blz. 123). Zóózeer schijnt dit als Gysius' werk beschouwd te zijn, dat Claas Bruin daarnaar schreef, zonder van Haemstede's naam te vermelden: Korte Schets van het leeven en sterven der Martelaaren, getrokken uit de geschiedenissen ... van J. Gysius (Amst. 1719).
Misschien is Gysius ook de schrijver van de twee volgende werken: Monster der Roomschen Afgoderije ... door Symeon Ruytinck, nu voor het tweede mael tot dienst dezer Nederlanden uytgegeven, vermeerdert ende verbetert (Leyden 1623) door J(ohannes) O(stendanus), en: Schriftuerlycke onderwijsinghe in de leere vande goddelycke Predestinatie. Eertijds in Hoochduytsch beschreven door Wilhelmum Zepperum ... alsnu wt den Latijne ... overgheset door J.G.O. (Rott. 1612).
Litteratuur: V.d. Aa, Biogr. Wdb., i.v. - Glasius, Godg. Ned., dl. I, blz. 595; dl. III, blz. 660, 661. - Frederiks en V.d. Branden, Biogr. Wdb., blz. 280. - Molhuysen en Blok, N. Biogr. Wdb., dl. II, kol. 534. - Rutgers, Acta, blz. 6, 8. - Reitsma en V. Veen, Acta, dl. III, blz. 466. - Knuttel, Acta, dl. I, II en III, Registers. - Id., Bibl. v. Kerkg., blz. 53, 123. - Van Doorninck, Verm. en Naaml. Schr., dl. II, kol. 420. - Arch. K.G., dl. V, blz 426: dl. VI, blz. 87. - De Wind, Bibl. der Ned. Geschiedschrijvers, blz. 328-337, 501, 571-577, 594. - Janssen, Cat. Oud-Syn. Arch., blz. 23. - Alb. Stud. L.B., kol. 69.