Van Gorkom een beroep naar Amsterdam, dat in 1868 op hem werd uitgebracht, niet te mogen afwijzen. Van grooten invloed was daarbij de omstandigheid, dat in 't vervolg niet de kerkeraad, maar het kiescollege een beroep zou uitbrengen en Van Gorkom voorzag terecht, dat alsdan de keuze op een orthodox predikant zou vallen. Na met een Afscheidsrede, uitgesproken in de Pieterskerk te Leiden (Leid. 1868) zijn oude gemeente vaarwelgezegd te hebben, deed hij den 29en April 1868 intrede te Amsterdam met een uitgegeven Toespraak gehouden bij de aanvaarding van het leeraarsambt in de Ned. Herv. gemeente te Amsterdam (Leiden 1868), na wederom door Laurillard te zijn bevestigd, wiens leerrede mede het licht zag (Leyden 1868). Ook hier hield hij omgang met vrijzinnige geestverwanten als Loman, Hoekstra, Hugenholtz, Meyboom e.a., zonder zich echter bij een theologischen krans aan te sluiten, maar nam toch ijverig deel aan de moderne beweging dier dagen. Strijd met den langzamerhand orthodox wordenden kerkeraad bleef niet uit, ‘licht ontvlambaar, kon hij ook op den kansel den tegenstander niet altijd sparen’, maar ‘strijdvaardig mocht hij zijn, strijdlustig was hij niet.’ Het beroep, dat de Remonstrantsche gemeente te Amsterdam in 1875 op hem uitbracht, was hem daarom zeer welkom, omdat hij dan niet meer aan een strijd behoefde deel te nemen, waarbij, volgens zijn eigen getuigenis, ‘mijne ziel begon schade te lijden. Menigmaal, als men om een scherp woord op den kansel of in een vergadering mij had toegejuicht, voelde ik mij onrustig, straks ongelukkig.’ Den 30en October 1875 deed hij intrede in de Remonstrantsche gemeente, het begin van een reeks gelukkige jaren, tot hij emeritaat verkreeg en met een Afscheidswoord (opgenomen in het tijdschrift Uit de Remonstrantsche Broederschap), den
25en April 1897 zijn bediening nederlegde. Meermalen trad hij daarna nog op in vrijzinnige gemeenten en verscheen als vrucht zijner studie een artikel over David Friedrich Strauss in de Gids van Februari 1898. Eerst bleef hij nog eenigen tijd te Amsterdam wonen, vestigde zich daarop aan de Steeg, vervolgens in Bussum, ten slotte in den Haag, waar hij na langdurige ziekte op 14 Januari 1905 overleed.
Van Gorkom ‘was een geboren spreker’, op den kansel, op de tribune en in den gezelligen kring, maar ‘op den kansel stond hij in zijn volle kracht.’ Hij besprak zijn onderwerp in vrijen gedachtengang, improviseerde gaarne en gemakkelijk en ‘uit zijn preeken straalde een diep religieuse geest’, terwijl ‘zijn moraalpreeken getuigden van fijne menschenkennis en gegronde karakterstudie’ (Slotemaker). Van zijn kanselwerk verscheen, behalve het reeds genoemde, het volgende in druk:
Eert uwe Vaderen, Leerrede (Leyden 1862); Van gelijke bewegingen. Toespraak ter bevestiging van R. Koopmans van Boeker en te Leyden (Leyden 1862); Oudejaarsavondpreek te Leiden (1866); Een woord op het Pinksterfeest (Amst. 1871); Meer of minder dan Hij (1899); De kranke van Bethseda (1899), terwijl in de Leerredenen tot bevordering van Evangelische kennis en Christelijk leven werden opgenomen: De profetie van Joël (1863) en Ongeloof (1866). Bovendien gaf hij: Tiental leerredenen (Arnh. 1866) in Neerlands Kansel; Excelsior in het Evangelisch Magazijn (1864); Alles of niets (Christelijk Album, 1867); Oudejaarsavondpreek (1869) en Een heilig volhouden (1873) in Taal des Geloofs; Karakter (Onze Godsdienstprediking, 1875); De verplichting der sterken (Godsdienst en Leven, 1899), en Uit Mefiboseths leven (Godsdienstig Album, 1899).
Ook als godgeleerde deed Van Gorkom zich kennen door zijn reeds genoemde