niet diep genoeg ging in de prediking en als volgeling van Ds. Brummelkamp, tegen het ambtsgewaad was. Deze partij meende in Fijnebuik een voorganger te vinden, die haar meer zou bevredigen en aldus werd hij den 4en Juni 1844 door den Zwolschen kerkeraad, ondanks een waarschuwenden brief van Ds. Brummelkamp, tot tweeden predikant beroepen zonder vast tractement, hetgeen hij, daar hij gefortuneerd was, ook niet noodig had. Nadat hij den 30en Juni voor de Schiedamsche gemeente belijdenis had afgelegd van trouwelooze verlating, ontving hij attestatie naar Zwolle en werd aldaar bevestigd.
Slechts één jaar heeft hij te zamen met zijn ambtgenoot de gemeente gediend. Feitelijk stond hij meer tegenover dan naast dezen, hun richting was in enkele opzichten verschillend en zelfs ontzag hij zich niet, in Friesland Ds. Vos van onrechtzinnigheid te beschuldigen, hetgeen een klacht van den kerkeraad te Leeuwarden ten gevolge had over Fijnebuik's ‘verkeerde richtingen en gesprekken en handelingen.’ Den 31en Augustus 1845 kwam het tot een openlijke breuk. In zijn predikatie doelde Fijnebuik blijkbaar op Vos' onrechtzinnigheid, zoodat deze weigerde, hem de hand te geven, waarop Fijnebuik verklaarde, dat hij niet meer voor de gemeente wilde optreden. Een openlijke herroeping van dit besluit en van zijn beschuldiging tegen Ds. Vos werd door hem geweigerd en den 15en September zond hij bij den Kerkeraad zijn ontslag in als herder en leeraar der gemeente. Eenige dagen later in zijn bediening geschorst, zegde hij met een vijftiental anderen den 22en September zijn lidmaatschap van de gemeente op, hield in zijn eigen huis godsdienstoefening en daar velen, waaronder van de aanzienlijksten, hem volgden, was de scheiding in de gemeente een feit geworden, dat haar den ondergang nabij bracht.
Maar ook buiten Zwolle dreigde deze zaak ongewenschte gevolgen te hebben. Ds. S. van Velzen te Amsterdam, die blijkbaar veel met Fijnebuik op had, stelde kort na de scheuring, den 6en November 1845, als voorzitter in de Provinciale Synode van Noord-Holland voor, hem te beroepen, ‘om den dienst in de Provincie waar te nemen’, aangezien in Noord-Holland slechts twee leeraars waren. Hoewel van dit voorstel niets gekomen is, lieten Van Velzen en de kerkeraad hem te Amsterdam preeken, waarover de Zwolsche classis ter provinciale synode van Noord-Holland van 7 Mei 1846, waar Fijnebuik tegenwoordig was, een schrijven inzond. Van Velzen en de Amsterdamsche kerkeraad verklaarden, dat zij de schorsing niet erkenden, omdat zij ‘sinds 1843 niet meer in de kerkelijke regeering met de provincie Overijssel vereenigd zijn en dus hetgeen de vergaderingen aldaar uitvoeren, niet voor [hen] verbindend is’; tevens achtten zij de schorsing onrechtvaardig toegepast. De zaak werd evenwel ook op de algemeene synode, den 16en September 1846 en volgende dagen te Groningen gehouden, ter sprake gebracht, waar de meening van Ds. Van Velzen afkeuring vond en de provincie Noord-Holland werd opgewekt, ‘om nu tot de Vereeniging toe te treden, om dan alles te vergeten en te vergeven, wat achter is en voorts te wandelen in alle eenheid.’ Op de provinciale synode van Noord-Holland van 17-19 November 1846 blijkt Fijnebuik weer uitgenoodigd te zijn, als examinator van een te Urk beroepen candidaat op te treden.
Zijn gemeente te Zwolle bleef zich echter op den duur niet handhaven. Misschien lag de oorzaak voor een deel in kwade geruchten, over hem verbreid, die ook in de provinciale synode van Noord-Holland den 14en November 1847 ter sprake kwamen, maar vooral door het tactvol optreden van Ds. P. Postma, in 1849 als predikant