vaarwel en verbond zich tien dagen later aan die van 's-Gravenhage met een toespraak over De zekerheid des Evangelies. Intreerede naar aanleiding van Luc. 1:1b (Dordr. 1878), nadat hij den 11en Augustus aldaar was bevestigd.
In den Haag ontwikkelde Van der Flier groote kracht en werkzaamheid in verschillende opzichten. Het werk in de gemeente en in zijn uitgebreiden wijk vorderde veel inspanning en bovendien werd hij tot de hoogste bestuursambten in de Ned. Herv. kerk geroepen. Sinds 1879 lid van het Provinciaal Kerkbestuur van Zuid-Holland, werd hij den 1en Januari 1892 tot vice-president, den 18en Juli 1894 tot president van dit college benoemd, terwijl hij van 1881 tot 1887 en verder vanaf 1892 lid van de Synode was. In 1893 tot vice-president van dit bestuurslichaam gekozen, maakte hij in October 1898 een reis naar Palestina als officiëel afgevaardigde voor de Ned. Herv. kerk bij de inwijding der Verlosserskerk te Jeruzalem; daarna volgde in 1900 zijn benoeming tot voorzitter der Synode, welk belangrijk ambt hij tot zijn overlijden bekleedde. Ook was hij sinds den 1en Januari 1894 secretaris der Commissie tot de zaken der Protestantsche kerk in Indië, welke taak door hem allerminst als een sinecure werd opgevat.
Ook voor ons Vaderland in 't algemeen heeft hij veel gedaan, doordat hij zich met groote nauwgezetheid wijdde aan de opdracht, om aan Koningin Wilhelmina godsdienstonderwijs te geven; deze verantwoordelijke taak werd door hem aanvaard, nadat hij den 1en Mei 1894 tot hofprediker benoemd was. Den 25en en 26en October 1896 mocht hij de Koningin tot lid der Ned. Herv. kerk aannemen en bevestigen, terwijl de Koningin-Regentes Emma hem als blijk van ingenomenheid met de wijze, waarop hij zich van deze opdracht gekweten had, tot ridder in de Orde van den Nederlandschen Leeuw benoemde. De Toespraak bij de bevestiging van H.M. de Koningin is te 's-Gravenhage in 1896 in druk verschenen. Den 7en Februari 1901 zegende Van der Flier het huwelijk der Koningin in met een Toespraak over Psalm 4:7b, bij de huwelijksinzegening van Z.K.H. Hendrik, Hertog van Mecklenburg en H.M. Wilhelmina (den Haag 1901), waarvan drie drukken in hetzelfde jaar verschenen; bij deze gelegenheid werd de hofprediker tot ridder der Wendische Kroonorde benoemd. Twee jaar later herdacht hij zijn 25-jarig predikantschap in den Haag met een rede, uitgegeven als: Na vijf en twintig jaar. Gedachteniswoord, uitgesproken in de Groote Kerk te 's Gravenhage (den Haag 1903), waarna hij nog zes jaren in de Residentie werkzaam mocht zijn. Met ingang van 1 October 1909 verkreeg hij emeritaat en overleed spoedig daarna, den 25en December van laatstgenoemd jaar, in den ouderdom van 68 jaar. Hij was gehuwd met Maria ten Bosch. Zijn portret komt voor in de Schatkamer, Jaarg. 1909, blz. 10.
Van der Flier was een man van veelzijdige bekwaamheid; daarbij was ‘een der aantrekkelijkste eigenschappen van wat hij sprak of schreef, de correctheid, de geacheveerdheid. 't Was àf, wat men van hem hoorde of las.’ De studie heeft hij dan ook nooit verwaarloosd en tweemaal stond hij op de voordracht voor kerkelijk hoogleeraar, eens te Leiden en eens te Utrecht. Bovendien kwam die studie zijn preeken ten goede, die uitmuntten door diepte en rijkdom van gedachten; daarvan getuigen die over De Hemelvaart en De levende hoop (1889), beide uitgegeven in Het eeuwig Evangelie van Cramer en Lamers, en over Een Man van smarten in den 10en Jaargang der Overdenkingen. Als prediker behoorde hij tot de school van Van Oosterzee, maar was minder oratorisch dan deze; de gemeente hoorde