Zijn lang oponthoud in die nooit door menschen bezochte bergstreken, leverde de stoffe tot zijnen, boven alle zijne werken uitblinkende Streifzüge in het Gedeh-gebergte, die eene lijvige appendix vormen tot de Top. und Naturw. Reisen.
In 1846 kreeg Junghuhn van den toemaligen gouverneur-generaal Rochussen in last op nieuw zijne onderzoekingen te hervatten, ten einde voornamelijk te rapporteren over het al dan niet aanwezig zijn van steenkolen op Java. Na 23 jaren op Java te hebben doorgebragt, na het geheele eiland in alle richtingen te hebben doorkruist, en alle Vulkanen, ten getale van ongeveer 50 te hebben beklommen, keerde hij in 1848 met tweejarig verlof naar Nederland terug, vestigde zich even buiten Leiden en werkte aan zijne kaart van Java en aan zijn hoofdwerk Java. Ondertusschen werd de rijke verzameling van naturalien door J. uit Java medegebracht door europeesche geleerden van naam onderzocht, gerangschikt en beschreven.
Door den minister Pahud aangesteld tot ambtenaar voor natuurkundige onderzoekingen, keerde hij in 1850 naar Java terug. Hier werd hem de leiding der Kina-kultuur, door Hasskarl op Java ingevoerd, toevertrouwd. Na met vele onaangenaamheden te worstelen gehad te hebben, was hij op het punt, daar zijn gezondheid veel had te lijden gehad, naar het vaderland terug te keeren, toen hij in den nacht tusschen 23-24 April 1864 overleed. Men noemt hem de Javasche Humbold.
Behalve een menigte in de Indische Tijdschriften opgenomene berichten verschenen van hem:
Topographische naturwissenschaftl. Reisen durch Dr. F. Junghuhn, Mitglied der Kaiserl. Leop. Carol. Akademie der Naturforscher, für die Kais. L.C. Akademie zum Druck befordert und bevorwort durch Dr. C.G. Nees von Esenbeck. Praesidenten der Akademie. Magdeburg 1845. fol. obl.
Die Battälander auf Sumatra (uit het Holl. door den schrijver overgezet.) Berlin 1847. 2 Th. 8o.
Java, zijn gedaante, zijn plantentooi en inwendige bouw. IIe verb. uitg. [van het 1ste deel] 's Gravenh. 1853. Amst. 1853. 4 dl. 8o. Met pl.
Catalogus der geologischen Sammlung von Java. 's Gravenh. 1854. 4o.
Junghuhn en J.E. de Vrij, de Kinakultuur op Java enz. Batavia 1860. 8o.
Terugreis van Java naar Europa met de zoogenaamde overlandpost in de maanden September en October 1848.
Java, zijn gedaante, zijn plantengroei en inwendige bouw.
Plantae Junghuhnianae, Examinatio plantarum quae in insulis Java et Sumatro detexit.
Licht en schaduwbeelden uit de binnenlanden van Java.