keerde Raepsaet naar Oudenaarde terug. Toen de Franschen in 1794 in België vielen, poogde Raepsaet een tijd lang de kas en het archief zijner gemeente te bewaren, door naar Goes de wijk te nemen. Toen de Franschen volkomen zegevierden, keerde hij naar Oudenaarde, waar al zijne goederen verbeurd verklaard waren, terug. In 1795 werd hij als vijandig tegen het bestaan der Republiek, gevangen genomen, tot deportatie naar Cayenne veroordeeld, maar door den val van het Directoire gered. Teruggekeerd, werd hij lid en voorzitter van den algemeenen raad van het departement van de Schelde, in 1803 lid van het wetgevend ligchaam van den Franschen staat en bleef in die betrekking tot 1813. Bij de vereeniging van Noord- en Zuid-Nederland, benoemde Willem I hem tot lid eener commissie tot vervaardiging eener grondwet. Hij zelf beschreef de werkzaamheid dier commissie en de vervaardiging der grondwet in een dagboek. Na dien tijd trok hij zich geheel uit het staatkundig leven terug, wijdde zich aan de letteren en de geschiedenis, werd lid van bijna alle geleerde genootschappen des rijks, en verkreeg veel aanzien. Hij overleed in zijn geboortestad den 15 Februarij 1832. Zijn portret, door C. Onghena, ziet het licht.
Zijne Histoire de l'Origine de l'organisation et des pouvoirs des Etats-Généraux et Provinciaux des Gaules et particulièrement des Pays-Bas, depuis les Germains jusqu'au 16 Siècle, Gand, 1819 (zijn hoofdwerk), Mémoires sar la législation des Gaules; zijne Analyse de l'Histoire des droits civils et politiques des Gaules et spécialement des Pays-Bas; zijne Academische Gedenkschriften; zijne Nasporingen over de uitvinding van het kaken van den haring; over de heerlijke regten en inhuldigingen der Nederlandsche Souvereinen; over de Bibliotheek van Bourgondiën te Brussel en eene menigte andere geschriften van dergelijken aard, doch bovenal zijn werk over de Poorteryen of Gemeenten in de Nederlanden, in de Werken der Maats. van Ned. Lett. waarvan hij lid was, hebben en hielden hem aan Noord-Nederland verbonden. Raepsaet was ook lid van het Kon. Ned. Inst. en schreef belangrijke artikelen in de Annales en in de Messager des Sciences et des Arts du Royaume des Pays-Bas.
Zijne Oeuvres complètes verschenen in 1838 in 16 d. 8o. Reiffenberg gaf in Merc. Belg. T. V. p. 169 een Liste des Mémoires Manuscrits de J.J. Raepsaet.
Zie Proces-Verb. van de 25e Alg. Verg. van het Kon. Ned. Inst. 27 Aug. 1832, bl. 22. Hand. der Jaarl. Verg. van de Maats. van Ned. Lett. te Leyden, geh. den 3e van Louwm. 1832. bl. 27; van Kampen, Ges. der Ned. Lett. en Wet. D. III. bl. 228, 229. Nieuwenhuis, Cat. der Maats. van Ned. Lett. D. II. bl. 34, 93, 175, 202, 291, 292, 561, 588. Cornelissen, Not. sur J.J. Raepsaet in Ann. Ac. R. Brux. p. 204. Reiffenberg, in Rev. Enc. p, 509: Gal. d. Cont. Suppl. Ann. de l'Acad. Royale