Schiedam werd hij door het graauw gevangen genomen, later werd hij door den stadhouder van zijne ambten ontzet.
Hij overleed den 2den Mei 1678 in den Haag, bij zijne echtgenoote Anna van Loon, verscheidene kinderen nalatende. Joachim Oudaan vervaardigde bij zijn overlijden een Lijkgedagtenis.
Men heeft van hem:
Verbael, gehouden door de Heeren H. van Beverningh, W. Nieupoort, J. van de Perre en A.P. Jongestal, als Gedeputeerden en Extraordinaris Ambassadeurs van de Heeren Staaten Generaal aen de Republycque van Engelandt, 's Gravenh. 1725, 4o.
Schrijvens van 't geene Willem Nieupoort, Ambassadeur van Hollandt, in en ontrent syn jonghste audientie van het nieuw Parlement van Engelant enz. - bejegent is, en wat hij voorders aen 't selfde Parlement vyt krachte van nieuwe credentiale geproponeert heeft (10 Junij) Harl. (Pseud.) 1659.
Missive van den Heer Ambassadeur Willem Nieupoort uyt Engelandt aen seker gequalificeert Heer aeng. drie weecken prolungatie van stilstant van wapenen tusschen de vlooten (van Nederland en Zweden).
Noch een Missive van denz. Ambass. aen de Heeren Ambass. in Denemarcken enz. (over 't zelfde onderwerp, beide van 13 Junij). - Item een Missive en Instructie van het Parl. aen den Engelschen Admiraal Montagu in de Sond, ten eynde als boven, Haarl. Jan Schaeck (pseud.) 1659.
Zie Aitsema, Herst. Leeuw, bl. 134, 136; Saken van Staat en Oorl. D. III. bl. 814, 815, 1153, 1295 enz. D. IV. bl. 133. Ludlows, Memoirs, Vol II. p. 21, 199. Vol. III. p. 135-139, 150, 151, 152; Thurloes, Papers, Vol. I. p. 281, 299. 600. Vol. II. p. 133. Vol. III. p. 114, 116. Vol. V. p. 243, 259, 309, 463. Vol. VI. p. 489. Vol. VII. p. 33, 119, 130 Wicquefort, Livre X. p. 572; v. d Capellen, Gedenkst. D. II. bl. 302, 303; de Witt, Brieven, D. II. bl. 205, 223. D. III. bl. 880; Lamberti, T III. p. 551; Wagenaar, Vad. Hist. D. XII. bl. 130, 188, 257, 259, 264, 307, 316, 279, 280, 309, 337, 369, 430, 472. D. XIII. bl. 4, 10, 168. D. XIV. bl. 78, D. XVI. bl. 441. D XVII. bl. 289. D. XVIII. bl. 128; van Wijn op Wagenaar, D. XII. bl. 43, 115; Bilderdijk, Ges. des Vad. D. IX. bl. 72, 75, 83; Scheltema, Staatk. Ned.; Jaarb. van Schied. 1849. bl. 1 volgg. van Kampen, Karakt. D. II. bl. 250; J. Oudaan, Ged. D. III. bl. 467; Kok, Nieuwenhuis, Kobus en de Rivecourt.