Leyden spoedig tot bestuurder der afdeeling gekozen, en in die betrekking hield hij in 1835 eene Feestrede op het vijftig jarig bestaan der Maatschappij, en in 1835 bij het overhandigen van eereblijken, eene redevoering over het vereeren van edelmoedige en menschlievende daden beschouwd als middel ter bevordering van godsvrucht en goede daden, van 1833 tot 1852. was hij een werkzaam lid van het Synodaal bestuur van zijn kerkgenootschap.
Den 13 November 1853 vierde hij de gedachtenis zijner vijfentwintigjarige bediening in de gemeente Leyden, sedert predikte hij slechts twee malen, en overleed den 27 Februarij 1854, bij zijn echtgenoot, die hem reeds in 1832 was vooruitgegaan, drie zonen, Carel Joannes, hoogleeraar in de wis- en natuurkunde te Amsterdam, Gerardus, advocaat en procureur te Gorinchem en Benjamin Frederik, afgevaardigde van het Nederlandsche Bijbelgenootschap te Makasser, en eene dochter, Alida Maria nalatende. De hoogleeraar F.J. Domela Nieuwenhuis, bearbeidde zijn leven voor de Handel. der Maats. van Ned. Letterk. waarvan Matthes lid was.
Behalve de bovengemelde werken schreef hij nog:
Intree-rede te Zutphen in Boekzaal 1826.
Tweetal Leerredenen, gehouden te Leyden, bij gelegenheid der bevestiping en intrede. Leyden 1828.
Gedachtenisrede op het afsterven van Ds. G.H. Reiche. Leyden 1839.
Leerrede op het derde eeuwgetijde van de overgave der Avgsburgsche geloofsbelijdenis. Leyd. 1831.
Redevoering en gebed ter gelegenheid van 's Konings verjaardag.
Eer woord ter bemoediging en troost voor Nederlandsche Christenen, in leerredenen. Leyd, 1833.
Leerrede ter gedachtenis der vijf-en-twintigjarige regering van Z.M. den Koning der Nederlanden. Leyd, 1838.
Leerrede ter inwijding der hernieuwde Evang. Luthersche kerk te Leyden. Leyd. 1841.
Leerrede over de ergernis der Wereld (Matth. XVIII vs. 7) No. 1 der Leerred. ter bevordering van ware verlichting. 1849.
Leerrede ter gedachtenis eener vijf en-twintigjarige ambtsbediening in de Evang. Luth. gemeente te Leyden, No. 3 der Leerred. voor Evang. Christenen te Utrecht 1854.
Hulde aan de nagedachtenis van mijne eehtgenoot W.M.E. Hoyer. 1832. (Niet in den handel.)
Redev. en aanspraken bij het overhandigen van eereblijken aan redders van drenkelingen, in de vergad. der Leydsche afdeel. van de Maats. 22 Nov. 1831. Leyd. 1831.
Ook liet hij Vragen op het Catechiseerboekje van Muller (1826) tot eigen gebruik in het licht geven.
Zie Domela Nieuwenhuis in Handel. der Maats. v. Ned. Lett. te Leyden, 1854; J.C. Schultz Jacobi en F.J.D. Nieuwen-