1564 tot 1567 bereisde hij het grootste deel van Spanje, vooral der zuidelijke gewesten, in 1577 en 1578 Italië.
Toen hij bij de plundering van Antwerpen al zijne bezittingen had verloren, begaf hij zich met den beroemden Abraham Ortelius naar Augsburg, waar de schatrijke Fuggers hem een aanbevelingsbrief gaf aan den hertog van Beijeren, die hem honderd gouden kroonen voor een teekening gaf en aanbood in zijn dienst te nemen, hetgeen Hoefnagel aannam, nadat hij Italië zou bezocht hebben. Te vergeefs poogde de kardinaal Farnese hem te Rome te houden, hij keerde naar zijn weldoener terug, die hem tot zijn hofschilder benoemde. Na den dood van den hertog van Beijeren trad hij in dienst van Ferdinand van Oostenrijk, hertog van Tyrol te Inspruck, waar hij acht jaren aan het schilderen van een prachtig misboek arbeidde, waarvoor de hertog hem 2000 gouden kroonen en een gouden keten van 200 gouden kroonen schonk. Voor keizer Rudolph maakte hij vier boeken met teekeningen van alle bekende viervoetige en kruipende dieren, vogelen en visschen en deze nam hem in dienst tegen een vorstelijk jaargeld. Overigens was hij een geleerd en welsprekend man, en een gelukkig beoefenaar der Latijnsche en Nederduitsche poëzy. Hij stierf in 1600 te Weenen. Op vele platen van het Theatrum civitatum et admirandorum Italiae etc. a Joanne Blauw, G.F. Amstelodani 1663, leest men Georgius Hoefnagel depingebat, die niet weinig tot sieraad van dit prachtwerk strekten, dat op zichzelf twee deelen vormt van den beroemden Grooten Atlas van Blauw. Ook gaf hij Diversae insectorum volatilium icones, ad virum depictae per D.J. Hoefnagel typisque mandatae a N. Visscher 1630, in 16 platen in 4 oblong, een gedeelte van het werk getiteld: Les insectes de George Hoefnagel, gravés par son fils Jaques, à l'age
de 17 ans à Francfort en 52 pl. et dont la suite de fleurs par Adr. Collaert en 24 pl., in 4 oblong.
Hij leverde vele afbeeldingen van Spaansche steden aan den Keulschen kanunnik George Braun, broeder van den beroemden Keulschen kunstenaar Augustus Braun, schrijver van Civitates orbis terrarum, in aes incisae et excusae et descriptione typographica, morali et poëtica illustratae, Tom. VI, collaborantibus Francisco Hogenbergio. Chalcographo et Georgio Hoefnagel in fo majore, Coloniae ab anno 1572 ad 1618.
Ook in het Fransch overgezet Théâtre des cités du monde.
De Bourgondische bibliotheek is in het bezit van een buitengewoon schoon door hem geschilderd miniatuur, voorstellende een gezigt op de stad Sevilla.