Pontecoulant en anderen binnen Staats-Vlaanderen waren gedrongen, nam Gobius, zonder daartoe bevel te hebben ontvangen, maatregelen tot stuiting van het oproer, ten gevolge waarvan hij den 4den October 1830 met het opperbevel over de vesting en de schepen werd belast. In deze nieuwe betrekking over eenige troepen kunnende beschikken, dacht hij dat deze nuttig zouden kunnen besteed worden tot beveiliging en weder in bezitneming van het 4de district van Zeeland. Hij deed dus een sterk detachement, uit mariniers en landtroepen bestaande, te Breskens landen, het fort Frederik Hendrik bezetten, en verkenningen verrigten naar buiten, al hetwelk ten gevolge gehad heeft, dat de Belgen terugtrokken en genoemd fort, en daarmede ook de linker Schelde oever, behouden werd. Latere pogingen der Belgen om zich van het 4de district van Zeeland meester te maken, werden voortdurend door hem verijdeld, doordien hij den Luitenant-Kolonel Ledel, aldaar het bevel voerende, de middelen verschafte om den vijand te verdrijven. De Koning zijne handelingen ten hoogste goedkeurende, benoemde hem den 7den October 1831 tot Kommandeur van den Nederlandschen Leeuw.
Zijne betrekking van Opperbevelhebber van Vlissingen hield op, toen deze overal gesupprimeerd werd. Op den 28sten November 1840 werd hij benoemd tot Grootkruis van den Nederlandschen Leeuw, waarvan hem de onderscheidensteekenen eigenhandig, en onder de vleijendste bewoordingen, door den Koning zelven overgegeven werden, bij gelegenheid dat Z.M. hem verkozen had tot het dragen van den Rijksappel bij Hoogstdeszelfs inhuldiging te Amsterdam. Den 11den December 1841 werd hij benoemd tot Luitenant-Admiraal. Hij overleed te Vlissingen den 2den Januarij 1843 en werd aldaar op zijn verlangen zeer eenvoudig en zonder eenig eerbewijs, aan zijnen hoogen rang verbonden, ter aarde besteld. Zijne afbeelding ziet het licht. Hij was in 1798 gehuwd met Cornelia Maria de Brauw, dochter van den Luitenant-Generaal Cornelis de Brauw en Alida Charlotta Albertina Paris. Zij overleed den 14den Januarij 1842, na hem verscheidene kinderen te hebben geschonken, waarvan de oudste mede volgt.
Het staat tot eere van Gobius aangeteekend dat hij algemeen bemind was, nooit eenen ongelukkige ongetroost van zich liet gaan, iedere inrigting bescherming, en elke goede daad bij hem aanmoediging vond. Vlissingen had veel van deszelfs welvaart aan Gobius te danken. Door zijn eerwaardig en heldhaftig voorkomen boezemde hij allen ontzag en achting in, maar hij wist ook door gepaste vriendelijkheid en regtschapenheid de liefde, van allen die met hem in aanraking kwamen, te winnen.
Zie Vaderl. Hist. ten verv. op Wagenaar, D. XXIV. bl. 360, 361;