serliana, omdat de Italiaanse architect Sebastiano Serlio (1475-1554) deze traveeordonnantie veelvuldig gebruikte en in zijn theoretische traktaten over architectuur heeft gepromoot. Die boeken of de door Pieter Coecke (1502-1550) in Vlaanderen heruitgegeven edities werden o.a. door de Officina Plantiniana in Antwerpen verkocht of lagen in kloosterbibliotheken ter inzage. De invloed van dergelijke druksels, geïllustreerd met gravures, is niet te onderschatten. Heel wat andere bouwmeesters, ook Vlaamse, schreven hun verworvenheden, kennis en ideeën in dergelijke platenboeken uit. De plaatsing van de toren - boven of juist na het hoofdaltaar - accentueert naar buiten de aanwezigheid van het H. Sacrament in de bidplaats en ruimer in de totale skyline van de stad. Dit kadert volledig in de sfeer van de Contrareformatie. Aan de straatzijde van de Antwerpse bidplaats toont een venster met engelensculpturen eveneens waar het H. Sacrament zich in de kerk bevindt. Niet alleen deze symboliek was doorslaggevend om de toren achter het hoofdaltaar te construeren. Praktische redenen speelden evenzeer een rol. Denken we maar aan het ontwerpen van een ruimte om de altaarschilderijen gemakkelijker om te wisselen volgens de kerkelijke kalender, om verbindingsgangen te maken naar het eigenlijke kloosterslot en de oratoria, die dikwijls aan weerszijden van de absis lagen, en om bijkomende bergruimten en dergelijke te realiseren. Zelfs in de oostelijke plaatsing van de Antwerpse torenconstructie mag de invloed van Serlio niet onvermeld blijven, al moet gezegd dat het Wenzel Cobergher (1560-1634) was die als eerste Vlaamse architect een toren in het verlengde van een kerk liet bouwen. Het gaat om die van de karmelietessen in Brussel en vervolgens in die van het bedevaartsoord van Scherpenheuvel, opgetrokken in opdracht van de aartshertogen. Dit idee blijft
Huyssens tot in zijn laatste scheppingen, namelijk de jezuïetenkerken van Namen en Brugge, volhouden. Die laatste werd echter omwille van financiële problemen en als concurrent van Antwerpen nooit voltooid.
Dit betekent evenwel niet dat alle bouwkundige elementen die Huyssens toepaste als vernieuwend kunnen worden beschouwd. Misschien om technische redenen, om de kosten te drukken of omdat hij van zijn oversten verplicht was, paste hij het middeleeuwse overwelvingsysteem bestaande uit spitsbogige of rondbogige kruisribgewelven boven het barokke tongewelf geregeld toe. En net als de meeste Vlaamse architecten verkoos hij de typische basilikale langsbouw, zonder transept en kooromgang met straalkapellen. Dit laatste was zeker niet nodig in jezuïetenkerken, waar de exuberante reliekenverering uit de Middeleeuwen werd terug geschroefd en waar de gezamenlijke koordiensten onbestaand waren. Verder kwam een dergelijke structuur toch niet zo ongelukkig over in de contrareformatorische liturgie, ook omdat het doksaal het koor niet meer afsloot, maar verbannen werd naar de westkant, naar de portaalzijde. Zo werd het hoofdaltaar met het tabernakel, waarin het H. Sacrament, én de diensten duidelijk zicht- en hoorbaar. De eucharistie was dan toch het voornaamste sacrament en de uiteindelijke essentie van het liturgisch gebeuren. Licht en ruimte liet hij voortaan samenspelen tot één harmonische compositie. De preekstoel kreeg hierin een centrale plaats, waardoor Gods woord gemakkelijk kon worden verkondigd aan de schare gelovigen.
Dit gegeven bleef ook in het oeuvre van Huyssens na zijn Italiëreis essentieel. Het feestelijke kerkinterieur kwam niet tot stand door artificiële hulpmiddelen, wel door een zuivere bouwkundige expressie, door het volle zonlicht te laten binnendwalen langs grote segmentboogvormige vensters en door een blijvende drang naar het kooreinde te scheppen. Daarvoor gebruikte Huyssens wel een overdadig versierd plafond met cartouches, schelpen en andere natuurelementen, zoals rozetten, opgekrulde bladeren en hoorns des overvloeds. Dit vinden we vooral in de Naamse Sint-Ignatiuskerk terug, die gelukkig na de opheffing van de jezuïetenorde in 1773 als bidplaats van de parochie Saint-Loup gespaard bleef. Deze opsmuk met gesculpteerd gips, gordelbogen en steekkappen duikt al in de O.-L.-Vrouwekapel van de Sint-Carolus Borromeuskerk in Antwerpen op. Mogelijk oefende ook hier Rubens invloed uit. Misschien meer dan dat, en had hij inspraak in het ontwerp. Een gelijkaardige plafonddecoratie voorzag Huyssens waarschijnlijk in de Brugse jezuïetenkerk. Vermoedelijk om financiële redenen beperkte die versiering zich tot het kalotgewelf van de absis, de ornamentiek van de gordelbogen en een dynamisch opgebouwde architraaf die over de volledige omtrek van de middenbeuk doorloopt. De rest van het gewelf wordt gevormd door kruisribben met een sleutelsteen, waarin een geschilderde zevenpuntige ster. Dit getal komt overeen met het aantal traveeën, waardoor mogelijk op de symboliek van de sacramenten wordt gewezen.
Italiaans is zeker de tweeledige indeling van de gevel. Waar Huyssens' eerste façades eerder een verticale opwaartse beweging maken en als driedelig kunnen worden beschouwd, worden ze na zijn Romereis meer horizontaal geleed. Dit treft ons zeker in de gevel van de O.-L.-Vrouwekerk van de Gentse Sint-Pietersabdij en in die van de H. Franciscus-Xaverius in Brugge, de latere Sint-Walburgakerk. Vernieuwd is eveneens de eenvoudige bouwkundige expressie, zonder een al te overdreven gebruik van beelden en ornamenten. Zelfs de gevel van de Saint-Loup in Namen kan als sober architecturaal worden beschreven. De Gentse abdijkerk bezit nog enkele andere kenmerken. Het grondplan bijvoorbeeld is een mengeling van een basilikale structuur voor de monniken en een lager gelegen centraalbouw voor de leken. Hier bouwde Huyssens ook zijn enige pendentiefkoepel, die meteen een unicum is in de Vlaamse barokkunst. De invloed van de vermelde II Gesù en de Sint-Pieter, beide in Rome, lijkt overduidelijk.
Het oeuvre van Huyssens mogen we niet afsluiten zonder even aandacht te vragen voor zijn modulair systeem, dat hij in de meeste van zijn bouwwerken toepast. Aan de hand van een bepaalde maateenheid en op basis van meetkundige figuren, die hij consequent in alle onderdelen doorvoert, weet hij een eenheid te scheppen. Dit helpt mee een bepaalde ruimtelijke sfeer, een totale kosmos te creëren. Samen met het beeldhouwkundig ensemble van de altaren, de preekstoel, het doksaal, de communiebanken, de biechtstoelen en ander soortgelijk kerkmeubilair ontstaat een ‘Gesamtkunstwerk’, dat zo typisch wordt voor de barok.