Het verhaal wordt ingeleid door een liefdesverklaring. De dichter bewondert de waterlelie om haar wezen (haar blankheid) en om haar handelen (haar ontplooiing). In de natuurallegorie schuilt een moraal. De slotstrofe onthult wat die is.
De levenshouding van de waterlelie bestaat uit drie elementen: rust (afzien van handelen), peinzen (mediteren of geestelijk schouwen) en niet meer wensen (opheffen van de wil). In de christelijke traditie definiëren die elementen de via contemplativa, ‘de weg van de contemplatie’, die staat tegenover de via activa, ‘de weg van het handelen’. Door overgave aan de goddelijke wil wordt de mysticus één met het geschouwde. Het gouden hart van de waterlelie verbeeldt de mystieke eenwording met de gouden zon. Zo gelezen is de waterlelie de ziel en de zon God. Een frappante parallel biedt een gedicht dat geschreven is in hetzelfde jaar als dat waarin ‘De waterlelie’ werd gepubliceerd (1898): ‘Ego flos’ van Guido Gezelle. ‘Ik ben een blomme en bloeie vóór uwe oogen...’
Het drietal meditatie, contemplatie en mystieke eenwording vinden we in tal van religies en filosofieën terug. De radicaalste daarvan is de leer van Boeddha, ‘de Verlichte’, die het uitdoven van de begeerte en het opgeven van alle strevingen predikte. De eeuwige zoeker Van Eeden is lang bekoord geweest door het boeddhisme. Hij gaf dit gedicht enkele jaren later een plaats in de bundel Van de passielooze lelie (1902), waar de passieloosheid duidelijk verwijst naar het opheffen van de begeerte, het niet-meer-wensen van het eindvers. De lichtsymboliek ligt in dezelfde lijn: de waterlelie is een symbool van de verlichte denker, de boeddha.
Bij nader onderzoek blijkt zelfs de waterlelie een boeddhistisch beeld te zijn. Een van de heiligste teksten uit het noordelijk boeddhisme is De lotus van de goede leer (Saddharma-pundarika). Daarin wordt de verlichte levenshouding vergeleken met die van de witte lotus (pundarika). De slijkerige omgeving waaruit de lotus opstijgt symboliseert samsara, de kringloop van geboorte en dood, het zintuiglijke leven, de verblinding van het niet-weten. De lotus zelf verbeeldt het onbevlekt (blank!) gebleven wezen van de mens, die de rust van het nirvana kan bereiken door innerlijke verlichting en opheffing van de wil. De bekende Indische mantra Om mani padme hum (‘Om, het juweel is in de lotus, amen’) betekent dat de individuele ziel (het juweel) deel uitmaakt van het universele zijn (de lotus).
Van Eeden gebruikte de waterlelie als vignet op zijn publicaties. Hoe hij het symbool heeft leren kennen, is moeilijk te achterhalen. Door de bibliotheek van zijn vader had hij al jong contact met filosofische werken. Het gedicht is ontstaan omstreeks 1888, het jaar waarin Madame Blavatsky The Secret Doctrine publiceerde. Zoals veel van zijn tijdgenoten was Van Eeden gefascineerd door de theosofie, die de oosterse wijsheid populariseerde.